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東海大学 医学部 基礎医学系 分子生命科学
情報生物医学研究室 (今西研究室)

ゲノム情報を生かした未来の医療を創る

技術革新により、個人の全ゲノムを調べることができるようになりました。ゲノムは病気へのかかりやすさや薬剤応答性などの個人差を規定しているので、近い将来、個別化医療や予防医療を実現していくためには、ゲノム情報解析の技術開発が欠かせません。

そこで私たちは、ゲノムのDNA塩基配列を調べることにより、その人の病気へのかかりやすさなどの「体質」を予測する技術を開発しています。
具体的には、(1)遺伝子型と表現型の関連についての網羅的なデータベース、そして(2)個人のゲノム情報を計算機で解析して表現型を予測するシステム、の開発を行っています。また、個人ゲノム情報解析をテーマとする国際コンテストにも挑戦しています。
さらに、疾患の遺伝要因の解明や創薬ターゲット分子の探索をめざした「疾患バイオインフォマティクス」を研究テーマとして、ゲノム配列解析から疾患データベースまで幅広い研究を行っています。

最新情報

東海大学医学部1年生の体験学習を実施

当研究室では8月31日から9月4日まで、毎年恒例の医学部1年生向けの体験学習を実施しました。「ヒトゲノム情報解析入門」というタイトルで、4名の学生にヒトゲノム情報の計算機解析を体験してもらいました。配列データベースに対するBLAST検索や、個人ゲノム解析による表現型予測、論文紹介セミナーへの参加など、充実した内容でした。

20150904_Lecture2015
Sep. 4th 2015,
Back: Habara, Shibata., Kryukov, Imanishi, Nakagawa, Takahashi,
Front: Students ,

2015年5月27日 トランスクリプトーム解析に基づくヒト遺伝子の統合データベースH-InvDBの新リリース公開

当研究室では、ヒトの転写産物であるmRNAやcDNAの配列データに基づいてさまざまなバイオインフォマティクス解析を行うことにより、ヒト遺伝子の構造やタンパク質の機能に関する豊富なアノテーション(注釈付け)情報を整備し、統合データベースH-InvDBを構築しています。新規に収集した転写産物の配列データを用いて、2015年5月にH-InvDBの最新バージョン9.0を作成して公開しました。ここでは、220,058件のヒト転写産物の配列データに基づいて、48,065のヒト遺伝子候補を同定しました。今回のバージョンで改良された点としては、転写産物に付与するHUGO Gene Symbolを遺伝子座ごとに統一したことや、UniProt/SwissProtおよびRefSeq Proteinとの対比に基づいて個々のタンパク質機能を記述する方式に変更したことなどです。また、以前のバージョンと比較すると、56件の遺伝子について新たに機能情報が追加されました。
ご利用はこちらから。
http://hinv.jp/hinv/ahg-db/index_ja.jsp

2015年3月27日 遺伝的形質のゲノム情報データベースVaDE version 1.5を公開

VaDEは、学術文献で報 告されている疾患発症リスク・薬剤応答性・体質に関わるゲノム多型情報、および、その機能や連鎖不平衡の情報を提供しています。VaDEデータベースの特 徴は、人類集団ごとに、複数の独立なサンプルを用いた研究で関連性が再現されたゲノム多型を表示できることです。例えば、東アジア人で再現性の認められた すべての疾患関連ゲノム多型を検索して表示し、ダウンロードできるほか、多型を示すゲノム位置の機能に関する情報も提供しています。ゲノム多型を疾患リス クの予測に使う研究が広まりつつありますが、本データベースは信頼性の高い疾患関連ゲノム多型をそのエビデンスとともに提供します。
なお、本データベースは平成25-26年度科研費・研究成果公開促進費「データベース」(JSPS科研費、258055および268046)の助成を受けて開発されています。
URLは http://bmi-tokai.jp/VaDE/ です。

2014年12月31日 大学院生を募集中

当研究室では、平成27年度の東海大学大学院医学研究科の大学院生(修士・博士)を募集しています。
詳細はこちらの記事をご覧ください。

2014年11月20日 遺伝的形質のゲノム情報データベースVaDE version 1.4を公開

VaDEは、学術文献で報告されている疾患発症リスク・薬剤応答性・体質に関わるゲノム多型情報、および、その機能や連鎖不平衡の情報を提供しています。VaDEデータベースの特徴は、人類集団ごとに、複数の独立なサンプルを用いた研究で関連性が再現されたゲノム多型を表示できることです。例えば、東アジア人で再現性の認められたすべての疾患関連ゲノム多型を検索して表示し、ダウンロードできるほか、多型を示すゲノム位置の機能に関する情報も提供しています。ゲノム多型を疾患リスクの予測に使う研究が広まりつつありますが、本データベースは信頼性の高い疾患関連ゲノム多型をそのエビデンスとともに提供します。
なお、本データベースは平成25-26年度科研費・研究成果公開促進費「データベース」(JSPS科研費、258055および268046)の助成を受けて開発されています。
URLは http://bmi-tokai.jp/VaDE/ です。

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過去の情報は「最近の出来事」をご覧ください。

募集

当研究室では疾患バイオインフォマティクスの研究に携わる研究員、大学院生、技術員を広く募集しています。
研究への情熱とやる気があれば、経験は問いません。各種制度による雇用、経済的支援があります。
まずは今西までご相談ください。