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Author Archives: So Nakagawa

ハゼ科魚類キヌバリとチャガラの核DNAとミトコンドリアDNAを用いた種分化の解析

May 16th, 2016 | Posted by So Nakagawa in News | Paper - (Comments Off on ハゼ科魚類キヌバリとチャガラの核DNAとミトコンドリアDNAを用いた種分化の解析)

助教の中川が加わったハゼ科魚類キヌバリとチャガラの種分化の研究について、先週の金曜日に報道発表がありました(論文は昨年末にオンライン公開されていました)。

論文のリンク:http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0378111915012226
宮内庁のリンク(日本語での要約があります):http://www.kunaicho.go.jp/page/ronbun/show/1

種の系統関係を調べるためには、連鎖していない様々なlocusのDNA配列を解析し、かつ形態的特徴を精緻に観察して比較すること、というメッセージはとても重要だと個人的には考えています。

こちら下記のメディア等でも報道されました:朝日新聞日経新聞

ゲノムに内在性したウイルスに由来する配列データベースgEVE

May 4th, 2016 | Posted by So Nakagawa in Database | Paper - (Comments Off on ゲノムに内在性したウイルスに由来する配列データベースgEVE)

助教の中川と特定研究員の上田が開発を進める哺乳類20ゲノム配列中に存在する蛋白質をコードする可能性のある内在性ウイルス由来の配列データベース(gEVE)に関する論文がOxford University PressのDatabaseに受理されました。

研究業績を御覧ください。

ネコ白血病ウイルスのgag遺伝子の多様性を解明

April 28th, 2015 | Posted by So Nakagawa in Paper - (Comments Off on ネコ白血病ウイルスのgag遺伝子の多様性を解明)

ネコ白血病ウイルス(FeLV)のgag遺伝子を日本全国のネコから収集し、解析をした研究成果をVirus Research誌に報告しました。
こちらは山口大学共同獣医学部の西垣一男先生との共同研究です。

Genetic diversity in the feline leukemia virus gag gene
Kawamura M, Watanabe S, Odahara Y, Nakagawa S, Endo Y, Tsujimoto H, Nishigaki K.
Virus Res. 2015 Apr 17. pii: S0168-1702(15)00142-2. doi: 10.1016/j.virusres.2015.04.008. [Epub ahead of print]

外来性のFeLVに加えてゲノムに内在化したFeVL(enFeLV)を含めて解析し、外来性と内在性が相同組換えを繰り返して多様性を生み出していることを明らかにしました。

UJA presents「留学のすゝめ!」

April 28th, 2015 | Posted by So Nakagawa in Uncategorized - (Comments Off on UJA presents「留学のすゝめ!」)

助教の中川が世話人をしている海外日本人研究者ネットワークUJA(United Japanese Researchers Around the World)が実験医学とタイアップしてスタートした「留学のすゝめ!」の連載が開始しました。様々な研究者の留学体験記が掲載されています、詳細は下記のリンクを御覧ください:

UJA Finding Our Way 留学体験記
羊土社、実験医学の特設サイト

 

イエネコの移動経路をレトロウイルスを用いて解析

February 3rd, 2015 | Posted by So Nakagawa in Paper - (Comments Off on イエネコの移動経路をレトロウイルスを用いて解析)

本研究室の中川助教が宮沢孝幸 京都大学ウイルス研究所 准教授と下出紗弓 京都大学大学院 医学研究科博士課程学生(日本学術振興会特別研究員DC2)との共同研究が2015年2月2日付の英国Nature Publishing Groupのオンライン科学雑誌「Scientific Reports」に掲載されました。

Sayumi Shimode, So Nakagawa & Takayuki Miyazawa
Multiple invasions of an infectious retrovirus in cat genomes.
Scientific Reports 5, Article number: 8164 doi:10.1038/srep08164
http://www.nature.com/srep/2015/150202/srep08164/full/srep08164.html

本研究にてイエネコの移動経路・各品種の起源を解明するための有用な指標となる内在性レトロウイルス(過去に感染したレトロウイルスの痕跡)を発見しました。イエネコの家畜化の歴史は約1万年前に中東で農耕の発達と共に始まったと考えられています。穀物を荒らすネズミの捕獲用として家畜化されたネコは、次第にその愛らしさから本来の役割よりも愛玩動物としての側面が重視され、様々な品種がつくられました。人々との暮らしを選ぶようになったネコのうち、ある集団は貿易商人やバイキングたちとヨーロッパを旅してまわり、大航海時代には新大陸へと上陸していきました。一方、あるネコたちは経典をネズミから守るために仏教徒と共にシルクロードを旅し、独自の形質を獲得したと考えられています。しかしながら、家畜化された後、ネコがどのように世界各地に移動し各品種がつくられたのか、その詳細は明らかにされていません。本研究ではイエネコのゲノムに刻み込まれたレトロウイルスの度重なる侵略を受けた痕跡(内在性レトロウイルス)を調べることで、ネコの移動の歴史を明らかにできることを示しました。今後、内在性レトロウイルスの保有状況を詳しく調べることで、イエネコの移動歴をより詳細に明らかにすることができると期待されます。また、本研究は、レトロウイルスの内在化過程を調べる上で、イエネコは貴重なモデルとなりうることを示しています。

研究結果はChicago Tribune日本経済新聞産経新聞(関西版)東京新聞ハフィントン・ポストサイエンスポータル毎日新聞(web)マイナビニュース、2月4日のフジテレビ系列「ニュースJAPAN」などのメディアにて報道されました。

生命医薬情報学連合大会 2014に参加しています!

October 2nd, 2014 | Posted by So Nakagawa in Conference - (Comments Off on 生命医薬情報学連合大会 2014に参加しています!)

10/2〜4に仙台で開催されている生命医薬情報学連合大会 2014に今西、中川、Kryukov、高橋が参加しています。

今西は初日のオミックス医療学会のワークショップにて、中川は二日目のJSBiハイライトトラック1にて口頭発表します。Kryukovと高橋はポスターにて研究発表予定です。

そして最終日のセッションではKryukovと今西が取り組んでいた匿名の被験者Xのゲノム解析の結果を発表します。

日本進化学会 第16回 大阪大会にてワークショップを開催しました

August 24th, 2014 | Posted by So Nakagawa in Seminar - (Comments Off on 日本進化学会 第16回 大阪大会にてワークショップを開催しました)

ワークショップ「ウイルスと宿主の共進化のダイナミクス」を名古屋市立大学の鈴木善幸教授と共同で本研究室の中川が開催いたしました。

W5:
ウイルスと宿主の共進化のダイナミクス
Dynamics of virus and host coevolution
日時場所
2014年 8月22日(金) 9:15〜11:15 , E会場(市民会館2階)

企画者
中川草(東海大)
鈴木善幸(名古屋市立大)

趣旨
近年シーケンス技術の向上に伴い様々な生物・ウイルスのゲノム配列が解読されてきた。その結果、宿主となる生物のゲノム配列の中にはウイルスの感染を防御するために変化してきた部分のみならず、ウイルスが宿主のゲノムに内在化し(内在性ウイルス、一部はレトロトランスポゾン)、その配列が宿主内で必須の機能を獲得することなど、様々な進化パターンが存在することが明らかになってきた。本ワークショップではウイルスと宿主の進化に関係する最新の研究結果を演者の方々からご報告いただき、その知見をふまえて参加者と議論していきたい。

予定演者
W5-1. 9:15-9:35
「胎盤と胚発生における内在性レトロウイルスの役割」
○宮沢孝幸(京大・ウイルス研)

W5-2. 9:35-9:55
「RNAを介した遺伝子の重複と進化に関わるレトロトランスポゾン」
○大島一彦(長浜バイオ大学・バイオサイエンス学部)

W5-3. 9:55-10:15
「レトロウイルス様配列による哺乳類皮膚表皮角質層機能の進化」
○松井毅(理研IMS)

W5-4. 10:15-10:35
「レンチウイルスと宿主の進化的軍拡競争の分子メカニズム」
○佐藤佳1、竹内(柴田)潤子1、小林朋子1、吉川禄助1、山田英里1、中野雄介1,2、任鳳蓉3、田中博3、小柳義夫1(1京大・ウイルス研、2熊大・院医、3東京医科歯科大)

W5-5. 10:35-10:55
「内在性ボルナ病ウイルス様エレメントと宿主の進化」
○小林由紀(日大・獣医)

W5-6. 10:55-11:05
「Packaging mechanisms in viruses with segmented genomes」
○鈴木善幸(名市大・院自然科学)

W5-7. 11:05-11:15
「哺乳類のゲノムに内在化したウイルス由来の配列データベース」
○中川草(東海大・医学部)

ご発表頂きました先生方、またご参加いただきましたみなさまにも大変感謝いたします。

P1020313
(こちらは懇親会での集合写真、京大霊長研の岡本先生、ウイルス研の吉川先生にもご参加いただきました)

ニホンザルFoamy virusに関する論文がonline公開されました

July 12th, 2014 | Posted by So Nakagawa in Paper - (Comments Off on ニホンザルFoamy virusに関する論文がonline公開されました)

助教の中川が京都大学ウイルス研究所の宮沢孝幸先生と共同で研究をしていたニホンザルFoamy virusに関する研究がGene誌に受理され、online公開されました

Yoshikawa R†, Nakagawa S†*, Okamura M and Miyazawa Y*.
Construction of an infectious clone of simian foamy virus of Japanese macaque (SFVjm) and phylogenetic analyses of SFVjm isolates.
Gene (accepted)

アクセプトの翌日に公開されたようです、Gene誌はonlie公開のスピードが早いですね!

ツェツェバエの全ゲノム解析に関する論文がScience誌に出版されました

April 26th, 2014 | Posted by So Nakagawa in Paper - (Comments Off on ツェツェバエの全ゲノム解析に関する論文がScience誌に出版されました)

ツェツェバエの全ゲノム解析に関する論文がScience誌に出版されました

眠り病として知られるアフリカトリパノソーマ症への感染を媒介するツェツェバエ(Glossina morsitans)について、366 MBの全ゲノム配列を決定し、さらに12,308個の予測遺伝子の機能を解明しました。これにより、ツェツェバエの吸血性や胎生・授乳といった奇妙な特徴に関連する遺伝子が明らかになり、今後の感染予防法の開発に役立つ多くのヒントが得られました。以上は国際Glossinaゲノムイニシアティブによる共同研究の成果です。

今西教授は、産業技術総合研究所でツェツェバエの個々の遺伝子の機能を適切に注釈付けする解析に貢献しました。なお、本研究はScience誌の表紙も飾っています。

International Glossina Genome Initiative (2014) Genome Sequence of the Tsetse Fly (Glossina morsitans): Vector of African Trypanosomiasis. Science 344(6182):380-386.

論文:http://www.sciencemag.org/content/344/6182/380
表紙:http://www.sciencemag.org/content/344/6182.cover-expansion

ネコMorbillivirusesに関する論文がOnlineにて公開されました

April 11th, 2014 | Posted by So Nakagawa in Paper - (Comments Off on ネコMorbillivirusesに関する論文がOnlineにて公開されました)

助教の中川が京都大学ウイルス研究所宮沢孝幸研究室らと共同で行った研究がJounal of General VirologyにてOnline公開されました。

Sakaguchi, S., Nakagawa, S., Yoshikawa, R., Kuwahara, C., Hagiwara, H., Asai, K., Kawakami, K., Yamamoto, Y., Ogawa, M. and Miyazawa, Y.* (2014)
Genetic diversity of feline morbilliviruses isolated in Japan.
Journal of General Virology (in press) Web PDF

アクセプトから二日での公開です、Editorial Officeの非常に早い仕事に驚きました。