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Author Archives: Tadashi Imanishi

学部学生の受け入れ

April 15th, 2018 | Posted by Tadashi Imanishi in News - (0 Comments)

当研究室では、基礎医学研究に興味のある学生を広く受け入れています。
東海大学医学部の学部2年生、3年生、4年生の場合は、選択科目「医学情報解析のための計算機プログラミング」(夏季集中開講)を履修することで、単位を取得することも可能です。その他の学年でも自由に参加ができます。他学部、他大学でもご相談に応じます。
ゲノム情報解析をしてみたい、DNAシークエンサーを使ってみたい、計算機の技術を身につけたい、医学の進歩のために何かやってみたい、研究の現場を自分の目で見てみたい、など動機は何でも結構です。
いつでもご連絡ください。

 

新人歓迎会を開催

April 13th, 2018 | Posted by Tadashi Imanishi in Event - (0 Comments)

新たにメンバーに加わった2名の歓迎会を、いつものイタリアンレストランで開催しました。新人の活躍を期待しています。

情報生物医学研究室の新体制

April 2nd, 2018 | Posted by Tadashi Imanishi in News - (0 Comments)

2018年4月から情報生物医学研究室のメンバー構成が変わります。
まず、横浜市立大学木原生物学研究所の研究員であった松前ひろみさんが特任助教として加入しました。
また、先月から東海大学工学部生命化学科4年の須藤恵美さんが卒研生として加入しています。
このほか、中川草さんは講師へ昇進しました。
新しいメンバーを迎え、新体制で心機一転、研究に取り組んでまいります。

送別会を開催しました

March 30th, 2018 | Posted by Tadashi Imanishi in Event - (0 Comments)

4月から健康学部へ移る柴田講師と、3月で卒業する卒研生の浅見さんの送別会を開催しました。
OBや家族も参加して、賑やかな会となりました。

party

日本細菌学会(福岡)での研究発表

March 30th, 2018 | Posted by Tadashi Imanishi in Conference | Event | News - (0 Comments)

2018年3月27-29日に福岡国際会議場で開催された第91回日本細菌学会総会および第14回日韓国際微生物学シンポジウムに参加し、研究発表を行いました。今回は、Classifying metagenomic reads using GenomeSync and Genome Search Toolkit(著者:Kryukov K and Imanishi T)というタイトルでのポスター発表です。これは、メタゲノム解析のために有用なゲノム配列データベースと解析ソフトウエアの紹介です。

ところで、細菌学会でもOxford Nanopore Technology社(ONT社)によるナノポア・シークエンサーが非常に注目されていました。当研究室が昨年論文発表した迅速なメタゲノム解析システム(こちらを参照)もONT社のシークエンサーを使用していますが、今でも多くの問い合わせをいただいています。迅速に細菌叢の解析を行いたいが、計算機による配列データ解析でお困りの方はとても多いようです。当研究室ではこうした方々を技術面で支援いたしますので、どうぞお問い合わせください。

これまで2年半にわたり、日本医療研究開発機構(AMED)感染症研究国際展開戦略プログラム(J-GRID)の研究課題「迅速・正確な感染症診断を可能にする病原微生物同定システムの開発」を実施してきましたが、今月いっぱいで終了になります。そこで、これまでの研究成果を公開するための報告会を開催します。どなたでも参加できますので、どうぞお集まりください。

日時: 2018年3月16日(金)14:00-18:00
場所: 東海大学伊勢原キャンパス・松前記念講堂2
地図はこちら–> Google Map

プログラム: こちらからダウンロードしてください。–>プログラム

なお、報告会の終了後には懇親会(会費制)を開催予定です。懇親会に参加ご希望の方は事前にメールでお知らせください。
メール送付先: bmi-sec@ml.u-tokai.ac.jp

実験医学 2018年1月号

December 12th, 2017 | Posted by Tadashi Imanishi in Event | Paper - (0 Comments)

実験医学2018年1月号は「ナノポア」DNAシークエンサーの特集です。
われわれの研究室からも2本の論文を寄稿していますので、ぜひご覧ください。

https://www.yodosha.co.jp/jikkenigaku/book/9784758125031/

新しいメンバーが加入しました

November 5th, 2017 | Posted by Tadashi Imanishi in Event | News - (0 Comments)

日本学術振興会特別研究員の坂口翔一研究員(写真の後部、中央)が10月から新たに当研究室に参加することになり、近隣のレストランで歓迎会を開きました。久しぶりに全員の集合写真が撮れました。

理化学研究所と共同で、Scientific Reports誌に論文を発表しました。

Ogawa T, Kryukov K, Imanishi T, and Shiroguchi K (2017) The efficacy and further functional advantages of random-base molecular barcodes for absolute and digital quantification of nucleic acid molecules. Scientific Reports 7: 13576.

論文
https://www.nature.com/articles/s41598-017-13529-3
プレスリリース(理研)
http://www.riken.jp/pr/press/2017/20171019_2/
プレスリリース(JST)
http://www.jst.go.jp/pr/announce/20171019-4/index.html

Springer Natureのホームページに日本語要旨が掲載

October 5th, 2017 | Posted by Tadashi Imanishi in News | Paper - (0 Comments)

今年7月にScientific Reports誌に発表した論文”A portable system for rapid bacterial composition analysis using a nanopore-based sequencer and laptop computer” (Scientific Reports 7:5657)について、Springer Natureが運営するホームページから「おすすめコンテンツ」として日本語要旨を掲載していただきました。下記アドレスです。

http://www.natureasia.com/ja-jp/srep/abstracts/89257

また、Scientific Reports日本語メールマガジンにも掲載されるそうです。