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Author Archives: Tadashi Imanishi

東海大学医学部1年生の体験学習を実施

September 4th, 2015 | Posted by Tadashi Imanishi in Event - (Comments Off on 東海大学医学部1年生の体験学習を実施)

当研究室では2015年8月31日から9月4日まで、毎年恒例の医学部1年生向けの体験学習を実施しました。「ヒトゲノム情報解析入門」というタイトルで、4名の学生にヒトゲノム情報の計算機解析を体験してもらいました。配列データベースに対するBLAST検索や、個人ゲノム解析による表現型予測、論文紹介セミナーへの参加など、充実した内容でした。

20150904_Lecture2015

Sep. 4th 2015,
Back: Habara, Shibata., Kryukov, Imanishi, Nakagawa, Takahashi
Front: Students

トランスクリプトーム解析に基づくヒト遺伝子の統合データベースH-InvDBの新リリース公開

May 27th, 2015 | Posted by Tadashi Imanishi in Database - (Comments Off on トランスクリプトーム解析に基づくヒト遺伝子の統合データベースH-InvDBの新リリース公開)

当研究室では、ヒトの転写産物であるmRNAやcDNAの配列データに基づいてさまざまなバイオインフォマティクス解析を行うことにより、ヒト遺伝子の構造やタンパク質の機能に関する豊富なアノテーション(注釈付け)情報を整備し、統合データベースH-InvDBを構築しています。新規に収集した転写産物の配列データを用いて、2015年5月にH-InvDBの最新バージョン9.0を作成して公開しました。ここでは、220,058件のヒト転写産物の配列データに基づいて、48,065のヒト遺伝子候補を同定しました。今回のバージョンで改良された点としては、転写産物に付与するHUGO Gene Symbolを遺伝子座ごとに統一したことや、UniProt/SwissProtおよびRefSeq Proteinとの対比に基づいて個々のタンパク質機能を記述する方式に変更したことなどです。また、以前のバージョンと比較すると、56件の遺伝子について新たに機能情報が追加されました。
ご利用はこちらから。
http://hinv.jp/hinv/ahg-db/index_ja.jsp

大学院生を募集中(平成28年度)

May 10th, 2015 | Posted by Tadashi Imanishi in News - (Comments Off on 大学院生を募集中(平成28年度))

当研究室では、平成28年度の東海大学大学院医学研究科の大学院生(修士・博士)を募集しています。
私たちは、生命の神秘や疾患の原因解明をめざして、ゲノムをはじめとする生命情報の解析に取り組んでいます。ぜひ皆さんも生命情報学にチャレンジしてみませんか。情熱とやる気があれば、知識や経験は問いません。
私立大学の大学院は学費がやや高いので敬遠されがちですが、東海大学には奨学金やTAなど各種の支援制度があるので、ぜひ活用してください。応募をお待ちしています。

東海大学大学院・募集要項

学費・奨学金等の案内

VaDE開発支援のお願い

April 14th, 2015 | Posted by Tadashi Imanishi in Database | News - (Comments Off on VaDE開発支援のお願い)

日頃よりVaDEデータベースをご利用いただきまして、ありがとうございます。

VaDEデータベースでは多くの学術論文からヒトの表現型の多様性に関わるゲノム多型の情報を収集し、一般公開しています。2015年3月にはデータを追加・更新したリリース1.5を公開しました。さらに近日中には検索機能を拡充した1.51をリリース予定です。

VaDEデータベースの特徴は、人類集団ごとに、複数の独立なサンプルを用いた研究で関連性が再現されたゲノム多型を表示できることです。例えば、東アジア人で再現性の認められたすべての疾患関連ゲノム多型を検索して表示し、ダウンロードできるほか、多型を示すゲノム位置の機能や連鎖不平衡に関する情報も提供しています。各データへのリンクを張ることも容易です。今後もぜひご活用いただけますと幸いです。

疾患リスク予測におけるエビデンスの重要性は広く認識されていますが、VaDEデータベースは日本におけるエビデンスの集積をめざして、これまで2年間にわたり科研費・研究成果公開促進費の支援で運営されてきました。ところが、2015年度は研究資金の獲得ができず運営が困難な状況に直面しています。そこで、データベース利用者の皆様に、何らかの形でのご支援をお願いする次第です。具体的には、(1)学術論文からのエビデンス情報の提供、(2)共同研究・受託研究等の形でのご支援、等を想定しています。ご支援をいただいた皆様には、VaDEの次期バージョンの追加データの先行提供や、ご希望の表現型(特定の疾患など)に関するデータの優先的な追加、高精度なリスク予測ツールなどをご提供可能です。

ぜひ、本プロジェクトへのご支援を賜りますよう、よろしくお願い申し上げます。

連絡先: 疾患リスク情報データベース・プロジェクト(vade@ml.tokai-u.jp)

東海大学医学部基礎医学系分子生命科学・教授  今西 規

大学院生を募集中

December 31st, 2014 | Posted by Tadashi Imanishi in News - (Comments Off on 大学院生を募集中)

当研究室では、平成27年度の東海大学大学院医学研究科の大学院生(修士・博士)を募集しています。
私たちは、生命の神秘や疾患の原因解明をめざして、ゲノムをはじめとする生命情報の解析に取り組んでいます。ぜひ皆さんも生命情報学にチャレンジしてみませんか。情熱とやる気があれば、知識や経験は問いません。
私立大学の大学院は学費がやや高いので敬遠されがちですが、東海大学には奨学金やTAなど各種の支援制度があるので、ぜひ活用してください。応募をお待ちしています。

東海大学大学院・募集要項

学費・奨学金等の案内

システムエンジニア募集(終了しました)

December 9th, 2014 | Posted by Tadashi Imanishi in News - (Comments Off on システムエンジニア募集(終了しました))

当研究室におけるデータベース・ソフトウエアの研究開発業務に携わるシステムエンジニアを募集します。

業務内容
Linux上で稼働している既存のWebアプリケーションを改良するための
ソースコード調査、プログラム開発、ドキュメント作成の作業を行う。

必要なスキル
JavaによるWebアプリケーション開発(strutsの経験があればなお可)

期間:2015年2月2日(月)から3月31日(火)
勤務日:週5日(月ー金)
休日:土曜、日曜、祝日
勤務時間:9:00-17:00(勤務7時間、休憩1時間)、残業あり、詳細は応相談
勤務地:東海大学伊勢原キャンパス(小田急線伊勢原駅から20分)
時給:(規定により決定)
締切:2015年1月9日(金)(早く終了することがあります)(終了しました)

ご応募、ご質問等は今西までお願いします(imanishi@tokai-u.jp)。

疾患関連ゲノム多型のデータベースVaDEについて論文発表しました

November 7th, 2014 | Posted by Tadashi Imanishi in Database | Paper - (Comments Off on 疾患関連ゲノム多型のデータベースVaDEについて論文発表しました)

「再現性」に着目した疾患関連ゲノム多型のデータベースVaDEについて、論文をNucleic Acids Research誌に発表しました。オンラインでご覧いただけます。

Nagai Y†, Takahashi Y†, and Imanishi T* (2014) VaDE: a manually-curated database of reproducible associations between various traits and human genomic polymorphisms. Nucleic Acids Research, Database Issue 2014;doi:10.1093/nar/gku1037.

Webページ
PDFをダウンロード

個人ゲノム解析コンテストで最優秀賞を受賞

October 7th, 2014 | Posted by Tadashi Imanishi in Conference | News - (Comments Off on 個人ゲノム解析コンテストで最優秀賞を受賞)

2014年10月4日に仙台で開催された第三回生命医薬情報学連合大会の公開セッションでは、匿名個人のゲノム配列を使ってその個人が誰なのかを当てるという前代未聞の企画が実施されました。当研究室はこのコンテストに参加し、出生地や身体的特徴などのプロファイリング結果を発表しました。個人の特定には至らなかったものの、最優秀賞をいただくことができました。詳細は日経バイオテクONLINEの記事にも紹介されています(有料)。

第三回生命医薬情報学連合大会公開セッション https://biomedpharminfo.org/open_session/

日経バイオテクONLINE記事 第一報(有料) https://bio.nikkeibp.co.jp/article/news/20141006/179406/

日経バイオテクONLINE記事 第二報(有料) https://bio.nikkeibp.co.jp/article/news/20141009/179461/

 

宮田満氏から賞品を受け取る今西教授 賞品の萩の月
宮田満氏から賞品を受け取る今西教授(左)、賞品の萩の月(右)

Kirill Kryukov研究員が最優秀発表賞を受賞

October 7th, 2014 | Posted by Tadashi Imanishi in Conference | News - (Comments Off on Kirill Kryukov研究員が最優秀発表賞を受賞)

2014年10月2-4日に仙台で開催された第三回生命医薬情報学連合大会で、本研究室のKirill Kryukov研究員は”Homology Search Management Tool”というタイトルでゲノム配列の相同性検索を支援するツールの開発について発表し、連合大会最優秀発表賞(IIBMP2014 Best Presentation Award)を受賞しました。同時に、Kryukov研究員は参加者が投票で選ぶ参加者セレクト賞(Community-Selected Excellent Poster Award)も受賞しました。

連合大会ホームページの受賞者一覧 https://biomedpharminfo.org/awards/

授賞式でのKryukov研究員(右) 賞状 賞品の萩の月
授賞式でのKryukov研究員(左)、賞状(中央)、賞品の萩の月(右)

東海大学医学部1年生の体験学習「ヒトゲノム情報解析入門」

September 6th, 2014 | Posted by Tadashi Imanishi in News - (Comments Off on 東海大学医学部1年生の体験学習「ヒトゲノム情報解析入門」)

医学部1年生の学生4名が5日間にわたり当研究室に参加し、基礎研究の現場を体験しました。計算機を使って個人のゲノム情報の解析を行ったり、論文紹介セミナーに参加するなど、盛りだくさんの内容でした。

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