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学部学生の受け入れ

April 15th, 2018 | Posted by Tadashi Imanishi in News - (0 Comments)

当研究室では、基礎医学研究に興味のある学生を広く受け入れています。
東海大学医学部の学部2年生、3年生、4年生の場合は、選択科目「医学情報解析のための計算機プログラミング」(夏季集中開講)を履修することで、単位を取得することも可能です。その他の学年でも自由に参加ができます。他学部、他大学でもご相談に応じます。
ゲノム情報解析をしてみたい、DNAシークエンサーを使ってみたい、計算機の技術を身につけたい、医学の進歩のために何かやってみたい、研究の現場を自分の目で見てみたい、など動機は何でも結構です。
いつでもご連絡ください。

 

2018年4月から情報生物医学研究室のメンバー構成が変わります。
まず、横浜市立大学木原生物学研究所の研究員であった松前ひろみさんが特任助教として加入しました。
また、先月から東海大学工学部生命化学科4年の須藤恵美さんが卒研生として加入しています。
このほか、中川草さんは講師へ昇進しました。
新しいメンバーを迎え、新体制で心機一転、研究に取り組んでまいります。

2018年3月27-29日に福岡国際会議場で開催された第91回日本細菌学会総会および第14回日韓国際微生物学シンポジウムに参加し、研究発表を行いました。今回は、Classifying metagenomic reads using GenomeSync and Genome Search Toolkit(著者:Kryukov K and Imanishi T)というタイトルでのポスター発表です。これは、メタゲノム解析のために有用なゲノム配列データベースと解析ソフトウエアの紹介です。

ところで、細菌学会でもOxford Nanopore Technology社(ONT社)によるナノポア・シークエンサーが非常に注目されていました。当研究室が昨年論文発表した迅速なメタゲノム解析システム(こちらを参照)もONT社のシークエンサーを使用していますが、今でも多くの問い合わせをいただいています。迅速に細菌叢の解析を行いたいが、計算機による配列データ解析でお困りの方はとても多いようです。当研究室ではこうした方々を技術面で支援いたしますので、どうぞお問い合わせください。

日本学術振興会特別研究員の坂口翔一研究員(写真の後部、中央)が10月から新たに当研究室に参加することになり、近隣のレストランで歓迎会を開きました。久しぶりに全員の集合写真が撮れました。

理化学研究所と共同で、Scientific Reports誌に論文を発表しました。

Ogawa T, Kryukov K, Imanishi T, and Shiroguchi K (2017) The efficacy and further functional advantages of random-base molecular barcodes for absolute and digital quantification of nucleic acid molecules. Scientific Reports 7: 13576.

論文
https://www.nature.com/articles/s41598-017-13529-3
プレスリリース(理研)
http://www.riken.jp/pr/press/2017/20171019_2/
プレスリリース(JST)
http://www.jst.go.jp/pr/announce/20171019-4/index.html

今年7月にScientific Reports誌に発表した論文”A portable system for rapid bacterial composition analysis using a nanopore-based sequencer and laptop computer” (Scientific Reports 7:5657)について、Springer Natureが運営するホームページから「おすすめコンテンツ」として日本語要旨を掲載していただきました。下記アドレスです。

http://www.natureasia.com/ja-jp/srep/abstracts/89257

また、Scientific Reports日本語メールマガジンにも掲載されるそうです。

情報生物医学研究室(今西研究室)が東海大学医学部に開設されて、ちょうど5年が経過しました。思えば5年前は全くのゼロからスタートしましたが、今では何とか研究成果を出し続けることができる体制が作れたと思います。今後ともどうぞよろしくお願い申し上げます。

2017年8月24日から26日にかけて京都大学で開催された日本進化学会第19回大会で、中川草助教が日本進化学会研究奨励賞を受賞しました。
こちらは授賞式の模様です。

Scientific Reports誌に発表した研究成果について、東海大学およびAMEDからプレスリリースされました。

日本医療研究開発機構(AMED)におけるプレスリリース
http://www.amed.go.jp/news/release_20170720-02.html
リンクはこちら

東海大学ホームページにおける紹介記事
http://www.u-tokai.ac.jp/academics/undergraduate/medicine/news/detail/post_43.html
リンクはこちら

2017年5月に開催された「NGS現場の会」でのセッション「シン・NGS:現実(ナウ)対 此後(ジセダイ)」について、日経バイオテクONLINEの記事になりました。有料のサイトですが、購読している方はぜひご覧ください。

日経バイオテクONLINEの記事はこちら