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2018年9月19日から21日まで山形県鶴岡市で開催された第7回生命医薬情報学連合大会(IIBMP2018)に参加し、2件の口頭発表を行いました。

プログラムはこちら

「個人ゲノム情報に基づくヒト顔形状の予測をめざして」
今西規1、中川草1、木村亮介2、瀧靖之3、安藤寿康4
(1. 東海大学医学部、2. 琉球大学大学院医学研究科、3. 東北大学加齢医学研究所、4. 慶應大学文学部)

「真核生物ゲノムに内在化したウイルス様配列データベースgEVEを活用したトランスクリプトーム解析」
中川草1、上田真保子2、Kirill Kryukov1、三橋里美3、三橋弘明4、今西規1
(1. 東海大学医学部 分子生命科学、2. 東海大学マイクロ・ナノ研究開発センター、3. 横浜市立大学大学院医学研究科 遺伝学、4. 東海大学工学部 生命化学科)

このうち「個人ゲノム情報に基づくヒト顔形状の予測をめざして」は、本大会の優秀口頭発表賞を受賞しました。関係者の皆様に深く感謝申し上げます。

certificate

日本経済新聞の電子版でわれわれの研究が紹介されました。
「手のひらサイズの遺伝子解読機、感染症の現場に」というタイトルの記事です。
2018年8月21日の日経産業新聞にも掲載されました。

記事はこちらでご覧いただけます。

東海大学医学部では、2018年度より研究課題「迅速ゲノム解析と人工知能を用いた感染症診断支援システムの開発」(2018-2020年度、代表:今西規)を実施します。これは、次世代シーケンサ等を利用して感染症のゲノム診断技術を開発することをめざす研究です。本研究において主にウェットの実験部分を担当する研究技術員(修士以上)を募集します。ゲノム科学研究の経験者を歓迎しますが、DNA解析の基本を習得された方ならば、次世代シーケンサは未経験でも可です。「ゲノム情報を生かした未来の医療を創る」という研究室のモットーに賛同し、チャレンジ精神にあふれた方のご応募をお待ちしています。

[業務内容]
次世代シーケンサ等を用いたゲノム解析研究(主にウェット解析を担当する)
[勤務地]
東海大学医学部基礎医学系分子生命科学(神奈川県伊勢原市下糟屋143)
[募集人員] 1名
[着任時期] 2018年11月1日以降、応相談
[雇用期間] 2019年3月末まで(次年度に延長の可能性あり)
[給与] 東海大学の規定による(研究技術員は時給制)。交通費支給。
[勤務時間] 原則的には月-金で1日7時間ですが、相談に応じます。
[休日] 土・日・祝日
[保険] 社会保険加入
[応募方法] 履歴書、研究業績リスト、抱負(200字程度)を郵送またはメール送付。
推薦状を添付することも可です。
[締切] 2018年10月25日(木)。適任者がみつかった場合は早期に終了します。
[選考内容・方法] 書類選考の後、面接を行います。テレビ会議面接も可。
[送付先・問い合わせ先]
〒259-1193神奈川県伊勢原市下糟屋143
東海大学医学部基礎医学系分子生命科学
今西 規 宛
E-mail: bmi-sec [[at]] ml.u-tokai.ac.jp
電話: 0463-93-1121内線2143
[詳細] 研究室HP(http://bmi.med.u-tokai.ac.jp/)およびJREC-IN: D118090304

学部学生向けに、当研究室の見学会を実施します。東海大学の学部生の卒業研究や大学院の進学先として当研究室を候補に考えている方は、ぜひこの機会にご来室ください。
まずは研究室のスタッフが研究内容を説明し、その後で実験室の見学、さらには卒研生やポスドクとの面談が可能です。
7月中の平日の午前中または夕方の時間帯に、予約制で実施します。お誘い合わせの上、下記へご連絡ください。

予約の連絡先: bmi-sec@ml.u-tokai.ac.jp
当日の場合はお電話で、0463-93-1121内線2143まで。

場所は伊勢原キャンパス1号館、7階、7G04室です。地図はこちらです。

学部学生の受け入れ

April 15th, 2018 | Posted by Tadashi Imanishi in News - (0 Comments)

当研究室では、基礎医学研究に興味のある学生を広く受け入れています。
東海大学医学部の学部2年生、3年生、4年生の場合は、選択科目「医学情報解析のための計算機プログラミング」(夏季集中開講)を履修することで、単位を取得することも可能です。その他の学年でも自由に参加ができます。他学部、他大学でもご相談に応じます。
ゲノム情報解析をしてみたい、DNAシークエンサーを使ってみたい、計算機の技術を身につけたい、医学の進歩のために何かやってみたい、研究の現場を自分の目で見てみたい、など動機は何でも結構です。
いつでもご連絡ください。

 

2018年4月から情報生物医学研究室のメンバー構成が変わります。
まず、横浜市立大学木原生物学研究所の研究員であった松前ひろみさんが特任助教として加入しました。
また、先月から東海大学工学部生命化学科4年の須藤恵美さんが卒研生として加入しています。
このほか、中川草さんは講師へ昇進しました。
新しいメンバーを迎え、新体制で心機一転、研究に取り組んでまいります。

2018年3月27-29日に福岡国際会議場で開催された第91回日本細菌学会総会および第14回日韓国際微生物学シンポジウムに参加し、研究発表を行いました。今回は、Classifying metagenomic reads using GenomeSync and Genome Search Toolkit(著者:Kryukov K and Imanishi T)というタイトルでのポスター発表です。これは、メタゲノム解析のために有用なゲノム配列データベースと解析ソフトウエアの紹介です。

ところで、細菌学会でもOxford Nanopore Technology社(ONT社)によるナノポア・シークエンサーが非常に注目されていました。当研究室が昨年論文発表した迅速なメタゲノム解析システム(こちらを参照)もONT社のシークエンサーを使用していますが、今でも多くの問い合わせをいただいています。迅速に細菌叢の解析を行いたいが、計算機による配列データ解析でお困りの方はとても多いようです。当研究室ではこうした方々を技術面で支援いたしますので、どうぞお問い合わせください。

日本学術振興会特別研究員の坂口翔一研究員(写真の後部、中央)が10月から新たに当研究室に参加することになり、近隣のレストランで歓迎会を開きました。久しぶりに全員の集合写真が撮れました。

理化学研究所と共同で、Scientific Reports誌に論文を発表しました。

Ogawa T, Kryukov K, Imanishi T, and Shiroguchi K (2017) The efficacy and further functional advantages of random-base molecular barcodes for absolute and digital quantification of nucleic acid molecules. Scientific Reports 7: 13576.

論文
https://www.nature.com/articles/s41598-017-13529-3
プレスリリース(理研)
http://www.riken.jp/pr/press/2017/20171019_2/
プレスリリース(JST)
http://www.jst.go.jp/pr/announce/20171019-4/index.html

今年7月にScientific Reports誌に発表した論文”A portable system for rapid bacterial composition analysis using a nanopore-based sequencer and laptop computer” (Scientific Reports 7:5657)について、Springer Natureが運営するホームページから「おすすめコンテンツ」として日本語要旨を掲載していただきました。下記アドレスです。

http://www.natureasia.com/ja-jp/srep/abstracts/89257

また、Scientific Reports日本語メールマガジンにも掲載されるそうです。