Welcome to Biomedical Informatics Laboratory
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今年で2回目になりますが、われわれは東海大学医学部の学部学生を対象に、計算機プログラミングのコースを開催しています。今回はpython言語の基本を習得し、さらに機械学習を実施する課題にチャレンジしてもらいました。2名の学生さん(写真中央の2名)はそれぞれSVMを使った分類問題に取り組み、本日最終日には解析結果を発表してもらいました。
楽しくにぎやかな5日間でした。

山形県・新潟県で地震

June 19th, 2019 | Posted by Tadashi Imanishi in News - (0 Comments)

昨夜は山形県・新潟県を中心とする地域で大きな地震がありました。昨年9月に第7回生命医薬情報学連合大会(IIBMP2018)のため訪問した鶴岡市でも、かなりの被害があったようです。被災された方々にお見舞い申し上げます。
学会の記事はこちら。

高精度縄文人ゲノム

May 13th, 2019 | Posted by Tadashi Imanishi in News - (0 Comments)

国立科学博物館からのプレスリリース
5月13日 遺伝子から続々解明される縄文人の起源 ~高精度縄文人ゲノムの取得に成功~

この研究には当研究室も一部関係しています。

プレスリリース文

読売新聞の記事

情報生物医学研究室では今年度も「ゲノム情報を生かした未来の医療を創る」をモットーに、研究に邁進していきます。
今年度は以下の科研費を獲得し、それぞれのテーマで研究を開始したところです。
これからもご支援のほどよろしくお願い申し上げます。

科研費・基盤研究(B)(2019-2021年度)
課題名「機械学習を駆使したゲノム多型ビッグデータからのヒト顔形状の予測」(代表:今西 規)

科研費・新学術領域・公募研究(2019-2020年度)
課題名「ゲノムワイドな多型解析に基づくヤポネシア人集団の進化モデル構築」(代表:今西 規)

科研費・新学術領域・公募研究(2019-2020年度)
課題名「大規模バイローム解析システムの構築および新規同定ウイルスの分子進化解析」(代表:中川 草)

科研費・新学術領域・公募研究(2018-2019年度)
課題名「ヒトらしさの進化:民族集団史と言語・音楽の共進化関係の解明」(代表:松前 ひろみ)

科研費・挑戦的研究(萌芽)(2017-2019年度)
課題名「細胞融合にかかわる内在性レトロウイルス由来遺伝子の同定および機能解析」(代表:上田 真保子)

クリュコフ研究員がBioinformatics誌に研究論文を発表しましたが、その概要が東海大学のホームページに掲載されました。
これは、ゲノム情報の効率的な圧縮技術に関する成果です。

論文はこちら

 

【医学部ニュース】

https://www.u-tokai.ac.jp/academics/undergraduate/medicine/

https://www.u-tokai.ac.jp/academics/undergraduate/medicine/news/detail/nafbioinformatics.html

このたび公益財団法人日立財団の倉田奨励金を受賞しました。研究課題名は「薬剤耐性菌の迅速な定量プロファイリング技術の開発」(代表:今西規)です。これは、世界的に大きな問題となっている薬剤耐性菌を短時間で定量的に検出しようとする研究です。

倉田奨励金について: http://www.hitachi-zaidan.org/works/environment/kurata/

2019年3月1日(金)に、東京の経団連会館で開催された贈呈式に出席しました。こちらが賞状と、お土産にいただいたモーター最中(日立市・青柳菓子店)です。日立製作所の第一号製品である5馬力誘導電動機(1910年)の形をした、とても美味しい最中でした(ごちそうさま!)。

5馬力誘導電動機について: こちら
モーター最中について: こちら

大学院生を募集中

February 5th, 2019 | Posted by Tadashi Imanishi in News - (0 Comments)

情報生物医学研究室では大学院生(修士・博士)を募集しています。
計算機を使ったヒトゲノム情報の解析や、感染症の迅速ゲノム診断法の開発など、チャレンジングな研究課題を用意して皆さんの応募をお待ちしています。
研究者をめざす者、企業への就職をめざす者、どちらも歓迎します。卒業生の多くは専門知識を生かした分野で就職しています。
また、大学院生にはさまざまな経済的支援もあります。例えば、東海大学医学部教育補助学生手当(teaching assistant; TA)を受けると、修士課程は月3万円、博士課程は月5-16万円が支給されます。詳しくは下記サイトを参照のこと。
http://www.med.u-tokai.ac.jp/daigakuin/web/gakuhi.html

ご連絡をお待ちしています。

連絡先:bmi-sec@ml.u-tokai.ac.jp

輪読会での記念写真

January 29th, 2019 | Posted by Tadashi Imanishi in Event | News - (0 Comments)

昨年から始めたMolecular Biology of the Cellの輪読会は、毎週1回のペースで続けてきましたが、もう大部分を読破しました。それで、今日は主要な参加メンバーとともに記念写真を撮りました。
しかし、一部の章が残っているので、輪読会はまだ続きます。
上滝さんは留学のため今日で最後とのこと、今までご指導ありがとうございました。

公益財団法人武田科学振興財団による2018年度特定研究助成に、東海大学からの提案が採択されました。研究課題名は、「迅速ゲノム解析と人工知能を用いた感染症診断支援システムの開発」(代表者:今西規)です。人工知能を用いた感染症の迅速かつ正確な診断を実現することをめざしています。

採択課題一覧はこちら

こちらの写真は、本日(2018年11月12日)シェラトン都ホテル東京で開催された研究助成金贈呈式でのスナップ写真です。

2018年9月19日から21日まで山形県鶴岡市で開催された第7回生命医薬情報学連合大会(IIBMP2018)に参加し、2件の口頭発表を行いました。

プログラムはこちら

「個人ゲノム情報に基づくヒト顔形状の予測をめざして」
今西規1、中川草1、木村亮介2、瀧靖之3、安藤寿康4
(1. 東海大学医学部、2. 琉球大学大学院医学研究科、3. 東北大学加齢医学研究所、4. 慶應大学文学部)

「真核生物ゲノムに内在化したウイルス様配列データベースgEVEを活用したトランスクリプトーム解析」
中川草1、上田真保子2、Kirill Kryukov1、三橋里美3、三橋弘明4、今西規1
(1. 東海大学医学部 分子生命科学、2. 東海大学マイクロ・ナノ研究開発センター、3. 横浜市立大学大学院医学研究科 遺伝学、4. 東海大学工学部 生命化学科)

このうち「個人ゲノム情報に基づくヒト顔形状の予測をめざして」は、本大会の優秀口頭発表賞を受賞しました。関係者の皆様に深く感謝申し上げます。
受賞者一覧はこちら

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