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ゲノム配列データに混入したヒト配列について、論文発表しました

September 11th, 2016 | Posted by Tadashi Imanishi in News | Paper - (Comments Off on ゲノム配列データに混入したヒト配列について、論文発表しました)

公開されているさまざまな生物の全ゲノム配列データには、ヒト由来のDNA配列が混入していることを突き止め、PLoS One誌に論文を発表しました。

Kryukov K, and Imanishi T (2016) Human contamination in public genome assemblies. PLoS One 11(9): e0162424. Web PDF

plosone_paper

縄文人のゲノム解析に関する共著論文が発表されました

September 1st, 2016 | Posted by Tadashi Imanishi in News | Paper - (Comments Off on 縄文人のゲノム解析に関する共著論文が発表されました)

縄文人のゲノム解析に関する共著論文が発表されました。当研究室のKryukov研究員が参加しています。

Kanzawa-Kiriyama H, Kryukov K, et al. (2016)

A partial nuclear genome of the Jomons who lived 3000 years ago in Fukushima, Japan.
Journal of Human Genetics

http://www.nature.com/jhg/journal/vaop/ncurrent/full/jhg2016110a.html

朝日新聞の記事はこちら

ハゼ科魚類キヌバリとチャガラの核DNAとミトコンドリアDNAを用いた種分化の解析

May 16th, 2016 | Posted by So Nakagawa in News | Paper - (Comments Off on ハゼ科魚類キヌバリとチャガラの核DNAとミトコンドリアDNAを用いた種分化の解析)

助教の中川が加わったハゼ科魚類キヌバリとチャガラの種分化の研究について、先週の金曜日に報道発表がありました(論文は昨年末にオンライン公開されていました)。

論文のリンク:http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0378111915012226
宮内庁のリンク(日本語での要約があります):http://www.kunaicho.go.jp/page/ronbun/show/1

種の系統関係を調べるためには、連鎖していない様々なlocusのDNA配列を解析し、かつ形態的特徴を精緻に観察して比較すること、というメッセージはとても重要だと個人的には考えています。

こちら下記のメディア等でも報道されました:朝日新聞日経新聞

ゲノムに内在性したウイルスに由来する配列データベースgEVE

May 4th, 2016 | Posted by So Nakagawa in Database | Paper - (Comments Off on ゲノムに内在性したウイルスに由来する配列データベースgEVE)

助教の中川と特定研究員の上田が開発を進める哺乳類20ゲノム配列中に存在する蛋白質をコードする可能性のある内在性ウイルス由来の配列データベース(gEVE)に関する論文がOxford University PressのDatabaseに受理されました。

研究業績を御覧ください。

ネコ白血病ウイルスのgag遺伝子の多様性を解明

April 28th, 2015 | Posted by So Nakagawa in Paper - (Comments Off on ネコ白血病ウイルスのgag遺伝子の多様性を解明)

ネコ白血病ウイルス(FeLV)のgag遺伝子を日本全国のネコから収集し、解析をした研究成果をVirus Research誌に報告しました。
こちらは山口大学共同獣医学部の西垣一男先生との共同研究です。

Genetic diversity in the feline leukemia virus gag gene
Kawamura M, Watanabe S, Odahara Y, Nakagawa S, Endo Y, Tsujimoto H, Nishigaki K.
Virus Res. 2015 Apr 17. pii: S0168-1702(15)00142-2. doi: 10.1016/j.virusres.2015.04.008. [Epub ahead of print]

外来性のFeLVに加えてゲノムに内在化したFeVL(enFeLV)を含めて解析し、外来性と内在性が相同組換えを繰り返して多様性を生み出していることを明らかにしました。

イエネコの移動経路をレトロウイルスを用いて解析

February 3rd, 2015 | Posted by So Nakagawa in Paper - (Comments Off on イエネコの移動経路をレトロウイルスを用いて解析)

本研究室の中川助教が宮沢孝幸 京都大学ウイルス研究所 准教授と下出紗弓 京都大学大学院 医学研究科博士課程学生(日本学術振興会特別研究員DC2)との共同研究が2015年2月2日付の英国Nature Publishing Groupのオンライン科学雑誌「Scientific Reports」に掲載されました。

Sayumi Shimode, So Nakagawa & Takayuki Miyazawa
Multiple invasions of an infectious retrovirus in cat genomes.
Scientific Reports 5, Article number: 8164 doi:10.1038/srep08164
http://www.nature.com/srep/2015/150202/srep08164/full/srep08164.html

本研究にてイエネコの移動経路・各品種の起源を解明するための有用な指標となる内在性レトロウイルス(過去に感染したレトロウイルスの痕跡)を発見しました。イエネコの家畜化の歴史は約1万年前に中東で農耕の発達と共に始まったと考えられています。穀物を荒らすネズミの捕獲用として家畜化されたネコは、次第にその愛らしさから本来の役割よりも愛玩動物としての側面が重視され、様々な品種がつくられました。人々との暮らしを選ぶようになったネコのうち、ある集団は貿易商人やバイキングたちとヨーロッパを旅してまわり、大航海時代には新大陸へと上陸していきました。一方、あるネコたちは経典をネズミから守るために仏教徒と共にシルクロードを旅し、独自の形質を獲得したと考えられています。しかしながら、家畜化された後、ネコがどのように世界各地に移動し各品種がつくられたのか、その詳細は明らかにされていません。本研究ではイエネコのゲノムに刻み込まれたレトロウイルスの度重なる侵略を受けた痕跡(内在性レトロウイルス)を調べることで、ネコの移動の歴史を明らかにできることを示しました。今後、内在性レトロウイルスの保有状況を詳しく調べることで、イエネコの移動歴をより詳細に明らかにすることができると期待されます。また、本研究は、レトロウイルスの内在化過程を調べる上で、イエネコは貴重なモデルとなりうることを示しています。

研究結果はChicago Tribune日本経済新聞産経新聞(関西版)東京新聞ハフィントン・ポストサイエンスポータル毎日新聞(web)マイナビニュース、2月4日のフジテレビ系列「ニュースJAPAN」などのメディアにて報道されました。

疾患関連ゲノム多型のデータベースVaDEについて論文発表しました

November 7th, 2014 | Posted by Tadashi Imanishi in Database | Paper - (Comments Off on 疾患関連ゲノム多型のデータベースVaDEについて論文発表しました)

「再現性」に着目した疾患関連ゲノム多型のデータベースVaDEについて、論文をNucleic Acids Research誌に発表しました。オンラインでご覧いただけます。

Nagai Y†, Takahashi Y†, and Imanishi T* (2014) VaDE: a manually-curated database of reproducible associations between various traits and human genomic polymorphisms. Nucleic Acids Research, Database Issue 2014;doi:10.1093/nar/gku1037.

Webページ
PDFをダウンロード

ニホンザルFoamy virusに関する論文がonline公開されました

July 12th, 2014 | Posted by So Nakagawa in Paper - (Comments Off on ニホンザルFoamy virusに関する論文がonline公開されました)

助教の中川が京都大学ウイルス研究所の宮沢孝幸先生と共同で研究をしていたニホンザルFoamy virusに関する研究がGene誌に受理され、online公開されました

Yoshikawa R†, Nakagawa S†*, Okamura M and Miyazawa Y*.
Construction of an infectious clone of simian foamy virus of Japanese macaque (SFVjm) and phylogenetic analyses of SFVjm isolates.
Gene (accepted)

アクセプトの翌日に公開されたようです、Gene誌はonlie公開のスピードが早いですね!

ツェツェバエの全ゲノム解析に関する論文がScience誌に出版されました

April 26th, 2014 | Posted by So Nakagawa in Paper - (Comments Off on ツェツェバエの全ゲノム解析に関する論文がScience誌に出版されました)

ツェツェバエの全ゲノム解析に関する論文がScience誌に出版されました

眠り病として知られるアフリカトリパノソーマ症への感染を媒介するツェツェバエ(Glossina morsitans)について、366 MBの全ゲノム配列を決定し、さらに12,308個の予測遺伝子の機能を解明しました。これにより、ツェツェバエの吸血性や胎生・授乳といった奇妙な特徴に関連する遺伝子が明らかになり、今後の感染予防法の開発に役立つ多くのヒントが得られました。以上は国際Glossinaゲノムイニシアティブによる共同研究の成果です。

今西教授は、産業技術総合研究所でツェツェバエの個々の遺伝子の機能を適切に注釈付けする解析に貢献しました。なお、本研究はScience誌の表紙も飾っています。

International Glossina Genome Initiative (2014) Genome Sequence of the Tsetse Fly (Glossina morsitans): Vector of African Trypanosomiasis. Science 344(6182):380-386.

論文:http://www.sciencemag.org/content/344/6182/380
表紙:http://www.sciencemag.org/content/344/6182.cover-expansion

ネコMorbillivirusesに関する論文がOnlineにて公開されました

April 11th, 2014 | Posted by So Nakagawa in Paper - (Comments Off on ネコMorbillivirusesに関する論文がOnlineにて公開されました)

助教の中川が京都大学ウイルス研究所宮沢孝幸研究室らと共同で行った研究がJounal of General VirologyにてOnline公開されました。

Sakaguchi, S., Nakagawa, S., Yoshikawa, R., Kuwahara, C., Hagiwara, H., Asai, K., Kawakami, K., Yamamoto, Y., Ogawa, M. and Miyazawa, Y.* (2014)
Genetic diversity of feline morbilliviruses isolated in Japan.
Journal of General Virology (in press) Web PDF

アクセプトから二日での公開です、Editorial Officeの非常に早い仕事に驚きました。