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実験医学 2018年1月号

December 12th, 2017 | Posted by Tadashi Imanishi in Event | Paper - (0 Comments)

実験医学2018年1月号は「ナノポア」DNAシークエンサーの特集です。
間もなく出版されます。
われわれも寄稿していますので、ぜひご覧ください。

https://www.yodosha.co.jp/jikkenigaku/book/9784758125031/

理化学研究所と共同で、Scientific Reports誌に論文を発表しました。

Ogawa T, Kryukov K, Imanishi T, and Shiroguchi K (2017) The efficacy and further functional advantages of random-base molecular barcodes for absolute and digital quantification of nucleic acid molecules. Scientific Reports 7: 13576.

論文
https://www.nature.com/articles/s41598-017-13529-3
プレスリリース(理研)
http://www.riken.jp/pr/press/2017/20171019_2/
プレスリリース(JST)
http://www.jst.go.jp/pr/announce/20171019-4/index.html

今年7月にScientific Reports誌に発表した論文”A portable system for rapid bacterial composition analysis using a nanopore-based sequencer and laptop computer” (Scientific Reports 7:5657)について、Springer Natureが運営するホームページから「おすすめコンテンツ」として日本語要旨を掲載していただきました。下記アドレスです。

http://www.natureasia.com/ja-jp/srep/abstracts/89257

また、Scientific Reports日本語メールマガジンにも掲載されるそうです。

共同研究の成果をThe Journal of Experimental Medicine誌に論文発表しました。詳細は「研究業績」のページからリンクをたどってください。

Tenno M, Shiroguchi K, Muroi S, Kawakami E, Koseki K, Kryukov K, Imanishi T, Ginhoux F, and Taniuchi I (2017) Cbfβ2-deficiency preserves Langerhans cell precursors by lack of selective TGFβ receptor signaling. The Journal of Experimental Medicine (in press).

Scientific Reports誌に発表した研究成果について、東海大学およびAMEDからプレスリリースされました。

日本医療研究開発機構(AMED)におけるプレスリリース
http://www.amed.go.jp/news/release_20170720-02.html
リンクはこちら

東海大学ホームページにおける紹介記事
http://www.u-tokai.ac.jp/academics/undergraduate/medicine/news/detail/post_43.html
リンクはこちら

ゲノム配列データに混入したヒト配列について、論文発表しました

September 11th, 2016 | Posted by Tadashi Imanishi in News | Paper - (Comments Off on ゲノム配列データに混入したヒト配列について、論文発表しました)

公開されているさまざまな生物の全ゲノム配列データには、ヒト由来のDNA配列が混入していることを突き止め、PLoS One誌に論文を発表しました。

Kryukov K, and Imanishi T (2016) Human contamination in public genome assemblies. PLoS One 11(9): e0162424. Web PDF

plosone_paper

縄文人のゲノム解析に関する共著論文が発表されました

September 1st, 2016 | Posted by Tadashi Imanishi in News | Paper - (Comments Off on 縄文人のゲノム解析に関する共著論文が発表されました)

縄文人のゲノム解析に関する共著論文が発表されました。当研究室のKryukov研究員が参加しています。

Kanzawa-Kiriyama H, Kryukov K, et al. (2016)

A partial nuclear genome of the Jomons who lived 3000 years ago in Fukushima, Japan.
Journal of Human Genetics

http://www.nature.com/jhg/journal/vaop/ncurrent/full/jhg2016110a.html

朝日新聞の記事はこちら

ハゼ科魚類キヌバリとチャガラの核DNAとミトコンドリアDNAを用いた種分化の解析

May 16th, 2016 | Posted by So Nakagawa in News | Paper - (Comments Off on ハゼ科魚類キヌバリとチャガラの核DNAとミトコンドリアDNAを用いた種分化の解析)

助教の中川が加わったハゼ科魚類キヌバリとチャガラの種分化の研究について、先週の金曜日に報道発表がありました(論文は昨年末にオンライン公開されていました)。

論文のリンク:http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0378111915012226
宮内庁のリンク(日本語での要約があります):http://www.kunaicho.go.jp/page/ronbun/show/1

種の系統関係を調べるためには、連鎖していない様々なlocusのDNA配列を解析し、かつ形態的特徴を精緻に観察して比較すること、というメッセージはとても重要だと個人的には考えています。

こちら下記のメディア等でも報道されました:朝日新聞日経新聞

ゲノムに内在性したウイルスに由来する配列データベースgEVE

May 4th, 2016 | Posted by So Nakagawa in Database | Paper - (Comments Off on ゲノムに内在性したウイルスに由来する配列データベースgEVE)

助教の中川と特定研究員の上田が開発を進める哺乳類20ゲノム配列中に存在する蛋白質をコードする可能性のある内在性ウイルス由来の配列データベース(gEVE)に関する論文がOxford University PressのDatabaseに受理されました。

研究業績を御覧ください。

ネコ白血病ウイルスのgag遺伝子の多様性を解明

April 28th, 2015 | Posted by So Nakagawa in Paper - (Comments Off on ネコ白血病ウイルスのgag遺伝子の多様性を解明)

ネコ白血病ウイルス(FeLV)のgag遺伝子を日本全国のネコから収集し、解析をした研究成果をVirus Research誌に報告しました。
こちらは山口大学共同獣医学部の西垣一男先生との共同研究です。

Genetic diversity in the feline leukemia virus gag gene
Kawamura M, Watanabe S, Odahara Y, Nakagawa S, Endo Y, Tsujimoto H, Nishigaki K.
Virus Res. 2015 Apr 17. pii: S0168-1702(15)00142-2. doi: 10.1016/j.virusres.2015.04.008. [Epub ahead of print]

外来性のFeLVに加えてゲノムに内在化したFeVL(enFeLV)を含めて解析し、外来性と内在性が相同組換えを繰り返して多様性を生み出していることを明らかにしました。