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イエネコの移動経路をレトロウイルスを用いて解析

February 3rd, 2015 | Posted by So Nakagawa in Paper - (Comments Off on イエネコの移動経路をレトロウイルスを用いて解析)

本研究室の中川助教が宮沢孝幸 京都大学ウイルス研究所 准教授と下出紗弓 京都大学大学院 医学研究科博士課程学生(日本学術振興会特別研究員DC2)との共同研究が2015年2月2日付の英国Nature Publishing Groupのオンライン科学雑誌「Scientific Reports」に掲載されました。

Sayumi Shimode, So Nakagawa & Takayuki Miyazawa
Multiple invasions of an infectious retrovirus in cat genomes.
Scientific Reports 5, Article number: 8164 doi:10.1038/srep08164
http://www.nature.com/srep/2015/150202/srep08164/full/srep08164.html

本研究にてイエネコの移動経路・各品種の起源を解明するための有用な指標となる内在性レトロウイルス(過去に感染したレトロウイルスの痕跡)を発見しました。イエネコの家畜化の歴史は約1万年前に中東で農耕の発達と共に始まったと考えられています。穀物を荒らすネズミの捕獲用として家畜化されたネコは、次第にその愛らしさから本来の役割よりも愛玩動物としての側面が重視され、様々な品種がつくられました。人々との暮らしを選ぶようになったネコのうち、ある集団は貿易商人やバイキングたちとヨーロッパを旅してまわり、大航海時代には新大陸へと上陸していきました。一方、あるネコたちは経典をネズミから守るために仏教徒と共にシルクロードを旅し、独自の形質を獲得したと考えられています。しかしながら、家畜化された後、ネコがどのように世界各地に移動し各品種がつくられたのか、その詳細は明らかにされていません。本研究ではイエネコのゲノムに刻み込まれたレトロウイルスの度重なる侵略を受けた痕跡(内在性レトロウイルス)を調べることで、ネコの移動の歴史を明らかにできることを示しました。今後、内在性レトロウイルスの保有状況を詳しく調べることで、イエネコの移動歴をより詳細に明らかにすることができると期待されます。また、本研究は、レトロウイルスの内在化過程を調べる上で、イエネコは貴重なモデルとなりうることを示しています。

研究結果はChicago Tribune日本経済新聞産経新聞(関西版)東京新聞ハフィントン・ポストサイエンスポータル毎日新聞(web)マイナビニュース、2月4日のフジテレビ系列「ニュースJAPAN」などのメディアにて報道されました。

疾患関連ゲノム多型のデータベースVaDEについて論文発表しました

November 7th, 2014 | Posted by Tadashi Imanishi in Database | Paper - (Comments Off on 疾患関連ゲノム多型のデータベースVaDEについて論文発表しました)

「再現性」に着目した疾患関連ゲノム多型のデータベースVaDEについて、論文をNucleic Acids Research誌に発表しました。オンラインでご覧いただけます。

Nagai Y†, Takahashi Y†, and Imanishi T* (2014) VaDE: a manually-curated database of reproducible associations between various traits and human genomic polymorphisms. Nucleic Acids Research, Database Issue 2014;doi:10.1093/nar/gku1037.

Webページ
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ニホンザルFoamy virusに関する論文がonline公開されました

July 12th, 2014 | Posted by So Nakagawa in Paper - (Comments Off on ニホンザルFoamy virusに関する論文がonline公開されました)

助教の中川が京都大学ウイルス研究所の宮沢孝幸先生と共同で研究をしていたニホンザルFoamy virusに関する研究がGene誌に受理され、online公開されました

Yoshikawa R†, Nakagawa S†*, Okamura M and Miyazawa Y*.
Construction of an infectious clone of simian foamy virus of Japanese macaque (SFVjm) and phylogenetic analyses of SFVjm isolates.
Gene (accepted)

アクセプトの翌日に公開されたようです、Gene誌はonlie公開のスピードが早いですね!

ツェツェバエの全ゲノム解析に関する論文がScience誌に出版されました

April 26th, 2014 | Posted by So Nakagawa in Paper - (Comments Off on ツェツェバエの全ゲノム解析に関する論文がScience誌に出版されました)

ツェツェバエの全ゲノム解析に関する論文がScience誌に出版されました

眠り病として知られるアフリカトリパノソーマ症への感染を媒介するツェツェバエ(Glossina morsitans)について、366 MBの全ゲノム配列を決定し、さらに12,308個の予測遺伝子の機能を解明しました。これにより、ツェツェバエの吸血性や胎生・授乳といった奇妙な特徴に関連する遺伝子が明らかになり、今後の感染予防法の開発に役立つ多くのヒントが得られました。以上は国際Glossinaゲノムイニシアティブによる共同研究の成果です。

今西教授は、産業技術総合研究所でツェツェバエの個々の遺伝子の機能を適切に注釈付けする解析に貢献しました。なお、本研究はScience誌の表紙も飾っています。

International Glossina Genome Initiative (2014) Genome Sequence of the Tsetse Fly (Glossina morsitans): Vector of African Trypanosomiasis. Science 344(6182):380-386.

論文:http://www.sciencemag.org/content/344/6182/380
表紙:http://www.sciencemag.org/content/344/6182.cover-expansion

ネコMorbillivirusesに関する論文がOnlineにて公開されました

April 11th, 2014 | Posted by So Nakagawa in Paper - (Comments Off on ネコMorbillivirusesに関する論文がOnlineにて公開されました)

助教の中川が京都大学ウイルス研究所宮沢孝幸研究室らと共同で行った研究がJounal of General VirologyにてOnline公開されました。

Sakaguchi, S., Nakagawa, S., Yoshikawa, R., Kuwahara, C., Hagiwara, H., Asai, K., Kawakami, K., Yamamoto, Y., Ogawa, M. and Miyazawa, Y.* (2014)
Genetic diversity of feline morbilliviruses isolated in Japan.
Journal of General Virology (in press) Web PDF

アクセプトから二日での公開です、Editorial Officeの非常に早い仕事に驚きました。

ウシのインターフェロンタウ遺伝子族の発現解析に関する共同研究論文が公開されました

November 29th, 2013 | Posted by So Nakagawa in Paper - (Comments Off on ウシのインターフェロンタウ遺伝子族の発現解析に関する共同研究論文が公開されました)

ウシのインターフェロンタウ遺伝子族の胎盤発生時の発現解析した論文がPLoS ONEで公開されました。助教の中川が東京大学大学院農学生命科学研究科 今川和彦研究室と共同で行った研究成果です。

Sakurai T†, Nakagawa S†, Kim MS†, Bai H, Bai R, Li JY, Min KS, Ideta A, Aoyagi Y and Imakawa K*.
Transcriptional regulation of two conceptus interferon tau genes expressed in Japanese Black cattle during peri-implantation period. PLoS ONE 2013 8(11), e80427. Web PDF

研究業績(http://bmi.med.u-tokai.ac.jp/jp/publications)をご覧ください。

コアラ白血病ウイルスの共同研究論文がFEBS Lettersに受理されました

October 31st, 2013 | Posted by So Nakagawa in Paper - (Comments Off on コアラ白血病ウイルスの共同研究論文がFEBS Lettersに受理されました)

助教の中川が京都大学ウイルス研究所の宮沢孝幸研究室と共同で研究を進めるコアラ白血病ウイルスについて配列比較を行った研究論文がFEBS Letters誌に受理されました。

PDFはこちらからdownloadできます:http://download.journals.elsevierhealth.com/pdfs/journals/0014-5793/PIIS0014579313008168.pdf

研究業績(http://bmi.med.u-tokai.ac.jp/jp/publications)をご覧ください。

関節リウマチリスク遺伝子多型データベースの論文が公開されました

October 28th, 2013 | Posted by Yoko Nagai in Paper - (Comments Off on 関節リウマチリスク遺伝子多型データベースの論文が公開されました)

長井研究員と今西教授の論文がDatabaseにAcceptされました。

関節リウマチリスク遺伝子多型データベースRAvariome(アールエーバリオーム)は、ゲノムワイド関連解析などの学術文献から関節リウマチのリスク遺伝子多型を集め、人類集団ごとに信頼性の高いリスク遺伝子多型を提供しています。

Nagai Y and Imanishi T*. RAvariome: a genetic risk variants database for rheumatoid arthritis based on assessment of reproducibility between or within human populations. Database (Oxford). 2013 Oct 23;2013(0):bat073.

http://database.oxfordjournals.org/content/2013/bat073.full

RAvariomeデータベース

http://hinv.jp/hinv/rav/

 

Science誌に論文が紹介されました

August 2nd, 2013 | Posted by So Nakagawa in Paper - (Comments Off on Science誌に論文が紹介されました)

本日発行のScience誌(2 August 2013, VOL. 341)にa助教の中川が米国科学アカデミー紀要(PNAS)に報告した論文がEditor’s Choiceの項目で紹介されました。
“Open to Change”という魅力的な題名がついています。

また同日、今西と中川は北大で開催された厚労科研の研究班の会議に参加しました。

ウシの胎盤発生に関与する内在性ウイルスに関する共同研究がAcceptされました

July 10th, 2013 | Posted by So Nakagawa in Paper - (Comments Off on ウシの胎盤発生に関与する内在性ウイルスに関する共同研究がAcceptされました)

助教の中川が京都大学ウイルス研究所宮沢孝幸准教授の研究室と共同で行ったウシの胎盤発生に関与する内在性ウイルス由来の遺伝子の共同研究の成果がJournal of Virology誌に掲載されます。

Nakaya, Y., Koshi, K., Nakagawa, S., Hashizume, K., and Miyazawa, T. (2013)
Fematrin-1 is involved in fetomaternal cell-to-cell fusion in Bovinae placenta and contributed to diversity of ruminant placentation.
Journal of Virology (in press)

こちらの研究が日刊工業新聞、京都新聞、マイナビニュース、Optronicsなどで報道されました。