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UJA presents「留学のすゝめ!」

April 28th, 2015 | Posted by So Nakagawa in Uncategorized - (Comments Off on UJA presents「留学のすゝめ!」)

助教の中川が世話人をしている海外日本人研究者ネットワークUJA(United Japanese Researchers Around the World)が実験医学とタイアップしてスタートした「留学のすゝめ!」の連載が開始しました。様々な研究者の留学体験記が掲載されています、詳細は下記のリンクを御覧ください:

UJA Finding Our Way 留学体験記
羊土社、実験医学の特設サイト

 

2015年3月27日 遺伝的形質のゲノム情報データベースVaDE version 1.5を公開

April 2nd, 2015 | Posted by Yasuko Takahashi in Uncategorized - (Comments Off on 2015年3月27日 遺伝的形質のゲノム情報データベースVaDE version 1.5を公開)

VaDEは、学術文献で報告されている疾患発症リスク・薬剤応答性・体質に関わるゲノム多型情報、および、その機能や連鎖不平衡の情報を提供しています。 VaDEデータベースの特徴は、人類集団ごとに、複数の独立なサンプルを用いた研究で関連性が再現されたゲノム多型を表示できることです。例えば、東アジ ア人で再現性の認められたすべての疾患関連ゲノム多型を検索して表示し、ダウンロードできるほか、多型を示すゲノム位置の機能に関する情報も提供していま す。ゲノム多型を疾患リスクの予測に使う研究が広まりつつありますが、本データベースは信頼性の高い疾患関連ゲノム多型をそのエビデンスとともに提供しま す。
なお、本データベースは平成25-26年度科研費・研究成果公開促進費「データベース」(JSPS科研費、258055および268046)の助成を受けて開発されています。
URLは http://bmi-tokai.jp/VaDE/ です。

VaDE version1.2を公開しました

June 26th, 2014 | Posted by Yoko Nagai in Uncategorized - (Comments Off on VaDE version1.2を公開しました)

遺伝的形質のゲノム情報データベース VarySysDB Disease Edition (VaDE)を公開しました。

  • 新しいURLはhttp://bmi-tokai.jp/VaDE/です。
  • ゲノムブラウザと日本語対応ページの公開。
  • データアップデート:関節リウマチおよび高血圧のマニュアルキュレーションデータを追加。
  • 機能拡張:レコードクリックによる詳細情報の表示、キーワード入力検索システム、形質のカテゴリー検索システム、内部リンクの充実。
  • バグ修正:外部リンクURLの修正。

VaDE TOP JP

「再現性」のある疾患関連ゲノム多型のデータベースを公開

April 24th, 2014 | Posted by Yoko Nagai in Uncategorized - (Comments Off on 「再現性」のある疾患関連ゲノム多型のデータベースを公開)

学術文献で報告されている疾患発症リスク・薬剤応答性・体質に関わるゲノム多型の情報を網羅的に収集し、その機能や連鎖不平衡の情報をつけたデータベース”VarySysDB Disease Edition (VaDE)”を試験的に公開しました。VaDEデータベースの特徴は、人類集団ごとに、複数の独立なサンプルを用いた研究で関連性が再現されたゲノム多型を表示できることです。例えば、東アジア人で再現性の認められたすべての疾患関連ゲノム多型を検索して表示し、ダウンロードできるほか、多型を示すゲノム位置の機能に関する情報も提供しています。ゲノム多型を疾患リスクの予測に使う研究が広まりつつありますが、本データベースは信頼性の高い疾患関連ゲノム多型をそのエビデンスとともに提供します。

試験公開のサイトは、こちらです。今後の改良に活かしていきますので、利用者の方々から広くご意見をいただければ幸いです。

なお、本データベースは平成25-26年度科研費・研究成果公開促進費「データベース」(JSPS科研費、258055および268046)の助成を受けて開発されています。

VaDE  TOP

本年度もよろしくお願いします

April 1st, 2014 | Posted by So Nakagawa in Uncategorized - (Comments Off on 本年度もよろしくお願いします)

4月に入り、メンバーの変更がありました

Welcomeランチを兼ねて大学そばの「ふじやま公園」までお花見に行ってきました。

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東海大学マイクロ・ナノ啓発会に参加します

February 19th, 2014 | Posted by So Nakagawa in Uncategorized - (Comments Off on 東海大学マイクロ・ナノ啓発会に参加します)

2/25(火)に東海大学湘南キャンパスで開催される「東海大学マイクロ・ナノ啓発会(Tµne) 第2回学術講演会」に中川と長井が参加します。

講演会の詳細はこちらです:
日時:2014 年 2 月 25 日(火) 10:00~19:00
場所:東海大学湘南校舎 17 号館 2 階ネクサスホール

分子生命科学の新年会に参加しました

January 11th, 2014 | Posted by So Nakagawa in Uncategorized - (Comments Off on 分子生命科学の新年会に参加しました)

本厚木の七幅という海鮮居酒屋のお店で開催されました。
おいしいお刺身やお鍋、そして楽しいトークに花を咲かせました。

幹事のみなさま、ありがとうございました。

日本分子生物学会に参加しています

December 4th, 2013 | Posted by So Nakagawa in Uncategorized - (Comments Off on 日本分子生物学会に参加しています)

2013年12月3日から6日まで神戸で開催されている第36回日本分子生物学会に今西、中川、長井、高橋が参加しています。

下記の発表を行っています:

バイオデータベースの統合化とデータマイニングを推進するためのリンク自動管理システム
ヒトゲノム多型に基づく疾患リスク予測ツールの開発
Gene Set Enrichment & Clustering法による未解明の関節リウマチ発症機序の予測
フォークヘッド転写因子の進化と結合するDNA配列の変化のダイナミクス

 

10/11、12に湯河原で開催された総合医学研究所の研修会に今西、柴田、中川が参加しました。
中川は1日目に「胎盤発生に関与する内在性ウイルス由来の遺伝子」について研究発表を行いました。

yugawara_seminar

http://www.u-tokai.ac.jp/TKDCMS/News/Detail.aspx?code=agriculture&id=6588

情報生物医学研究室セミナー(松井毅博士)

October 2nd, 2013 | Posted by So Nakagawa in Uncategorized - (Comments Off on 情報生物医学研究室セミナー(松井毅博士))

本日、下記のセミナーが開催されました。

理化学研究所 統合生命医科学研究センター 皮膚恒常性研究チーム
松井 毅 博士

哺乳類皮膚特異的レトロウイルス型プロテアーゼ SASPaseと哺乳類皮膚表皮の進化

約3.6億年前に最初の陸上脊椎動物である両生類が陸上に進出した。その際に、気相- 液相間バリアーとして「角質層」を獲得し、皮膚表皮が形成された。その後、爬虫類 が繁栄し、約2億年前には、哺乳類が「柔らかく保湿された角質層」を獲得した。
最近、哺乳類皮膚表皮に特異的なレトロウイルス様プロテアーゼSASPase欠損無毛マウスを作製した所、乾燥肌様皮膚表皮を呈した。この欠損マウスでは、表皮角質層 の下層に、その欠損がアトピー性皮膚炎の最大の疾患素因となることが知られている Profilaggrinの分解異常・蓄積が認められた。
これらの知見は、哺乳類がその発生時に、 レトロポゾン転位因子由来のプロテアーゼ配列をうまく利用し、哺乳類特有の保湿された角質層を獲得したことを示唆している。

ご参加くださったみなさま、どうもありがとうございました。