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ハゼ科魚類キヌバリとチャガラの核DNAとミトコンドリアDNAを用いた種分化の解析

May 16th, 2016 | Posted by So Nakagawa in News | Paper - (Comments Off on ハゼ科魚類キヌバリとチャガラの核DNAとミトコンドリアDNAを用いた種分化の解析)

助教の中川が加わったハゼ科魚類キヌバリとチャガラの種分化の研究について、先週の金曜日に報道発表がありました(論文は昨年末にオンライン公開されていました)。

論文のリンク:http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0378111915012226
宮内庁のリンク(日本語での要約があります):http://www.kunaicho.go.jp/page/ronbun/show/1

種の系統関係を調べるためには、連鎖していない様々なlocusのDNA配列を解析し、かつ形態的特徴を精緻に観察して比較すること、というメッセージはとても重要だと個人的には考えています。

こちら下記のメディア等でも報道されました:朝日新聞日経新聞

ゲノムに内在性したウイルスに由来する配列データベースgEVE

May 4th, 2016 | Posted by So Nakagawa in Database | Paper - (Comments Off on ゲノムに内在性したウイルスに由来する配列データベースgEVE)

助教の中川と特定研究員の上田が開発を進める哺乳類20ゲノム配列中に存在する蛋白質をコードする可能性のある内在性ウイルス由来の配列データベース(gEVE)に関する論文がOxford University PressのDatabaseに受理されました。

研究業績を御覧ください。

株式会社ジーンクエストとの共同研究

March 10th, 2016 | Posted by Tadashi Imanishi in Database | News - (Comments Off on 株式会社ジーンクエストとの共同研究)

当研究室と株式会社ジーンクエストの間の共同研究について、その概要が公表されました。ジーンクエスト社からは、当研究室で開発を進めているゲノム多型情報データベースVaDE(http://bmi-tokai.jp/VaDE/)の研究活動に対し、ご支援をいただいています。

ゲノム医療の基礎となるエビデンスを大量の学術文献から抽出するアノテーション作業は、非常に手間のかかる仕事です。われわれは今後もより多くの研究者や民間企業とも連携しつつ、確かなエビデンスの収集を進めていきたいと考えています。

ジーンクエスト社のニュースリリースは、こちら

大川情報通信基金の研究助成贈呈式に出席しました

March 8th, 2016 | Posted by Tadashi Imanishi in Conference | Event | News - (Comments Off on 大川情報通信基金の研究助成贈呈式に出席しました)

3月2日にANAインターコンチネンタルホテル東京で開催された公益財団法人大川情報通信基金の研究助成受賞式に出席しました。これは、情報・通信分野において、独創性のある、先進的または社会的に有用な調査・研究に対する助成金です。助成を受ける研究テーマは「迅速な感染症診断のためのシーケンサ連動型ゲノム検索ソフトウエアの開発」(代表:今西規)です。
たいへん立派な贈呈式で、研究助成贈呈書(下図)もいただき、感慨ひとしおです。

Certificate of grant-in-aid

Certificate of grant-in-aid

ゲノム科学分野の特定研究員(ポスドク)・研究技術員(修士以上)を再募集

December 22nd, 2015 | Posted by Tadashi Imanishi in Event | News - (Comments Off on ゲノム科学分野の特定研究員(ポスドク)・研究技術員(修士以上)を再募集)

当研究室では、2015年10月より日本医療研究開発機構(AMED)感染症研究国際展開戦略プログラム(J-GRID)の支援による研究課題「迅速・正確な感染症診断を可能にする病原微生物同定システムの開発」(代表:今西規)を実施しており、次世代シーケンサ等を利用したゲノム診断技術の開発に取り組んでいます。本研究において主にウェットの実験部分を担当する特定研究員(ポスドク)または研究技術員(修士以上)を募集します。ゲノム科学研究の経験者を歓迎しますが、DNA解析の基本を習得された方ならば、次世代シーケンサは未経験でも可です。「ゲノム情報を生かした未来の医療を創る」という研究室のモットーに賛同し、チャレンジ精神にあふれた方のご応募をお待ちしています。

[業務内容]
次世代シーケンサ等を用いたゲノム配列解析(主にウェットの実験部分を担当する)

[勤務地]
〒259-1193神奈川県伊勢原市下糟屋143
東海大学医学部基礎医学系分子生命科学

[募集人員]
1名

[着任時期]
2016年2月1日以降

[雇用期間]
2016年3月末まで(2016年度予算確定後に延長する可能性あり)

[職名]
特定研究員(ポスドク)または研究技術員(修士以上)

[給与]
東海大学の規定による。交通費支給。

[勤務時間]
原則的には月-金で1日7時間ですが、相談に応じます。
特定研究員の場合は、毎月第1、第3、第5土曜日も勤務日となります(勤務5時間)。

[休日]
土・日・祝日

[保険]
社会保険加入

[応募方法]
履歴書、研究業績リスト、抱負(200字程度)を郵送またはメール添付でお送りください。推薦状があれば添付してください。

[締切]
2016年1月8日(必着)

[選考内容・結果通知方法]
書類選考の後、面接を行います。遠方の場合はテレビ会議による面接も可能です。結果は後日メールでお知らせします。応募書類は返却いたしかねます。

[送付先・問い合わせ先]
〒259-1193神奈川県伊勢原市下糟屋143
東海大学医学部基礎医学系分子生命科学
今西 規 宛
E-mail: bmi-sec@ml.tokai-u.jp
Tel: 0463-93-1121内線2143

大川情報通信基金の研究助成に採択されました

December 1st, 2015 | Posted by Tadashi Imanishi in News - (Comments Off on 大川情報通信基金の研究助成に採択されました)

このたび当研究室は、公益財団法人大川情報通信基金の研究助成に採択されました。これは、情報・通信分野において、独創性のある、先進的または社会的に有用な調査・研究に対する助成金です。研究テーマは「迅速な感染症診断のためのシーケンサ連動型ゲノム検索ソフトウエアの開発」(代表:今西規)です。感染症のゲノム診断に必要な時間の短縮のため、次世代シーケンサの出力する配列データをリアルタイムに解析するソフトウエアを開発します。

大川情報通信基金のページはこちら

ゲノム科学分野の特定研究員(ポスドク)または研究技術員(修士以上)を募集

November 16th, 2015 | Posted by Tadashi Imanishi in News - (Comments Off on ゲノム科学分野の特定研究員(ポスドク)または研究技術員(修士以上)を募集)

当研究室では、2015年10月より日本医療研究開発機構(AMED)感染症研究国際展開戦略プログラム(J-GRID)の支援による研究課題「迅速・正確な感染症診断を可能にする病原微生物同定システムの開発」(代表:今西規)を実施しており、次世代シーケンサ等を利用したゲノム診断技術の開発に取り組んでいます。本研究において主にウェットの実験部分を担当する特定研究員(ポスドク)または研究技術員(修士以上)を募集します。ゲノム科学研究の経験者を歓迎しますが、DNA解析の基本を習得された方ならば、次世代シーケンサは未経験でも可です。「ゲノム情報を生かした未来の医療を創る」という研究室のモットーに賛同し、チャレンジ精神にあふれた方のご応募をお待ちしています。

[業務内容]
次世代シーケンサ等を用いたゲノム配列解析(主にウェットの実験部分を担当する)

[勤務地]
〒259-1193神奈川県伊勢原市下糟屋143
東海大学医学部基礎医学系分子生命科学

[募集人員]
1名

[着任時期]
2016年1月1日以降

[雇用期間]
2016年3月末まで(延長する可能性あり)

[職名]
特定研究員(ポスドク)または研究技術員(修士以上)

[給与]
東海大学の規定による。交通費支給。

[勤務時間]
原則的には月-金で1日7時間ですが、相談に応じます。
特定研究員の場合は、毎月第1、第3、第5土曜日も勤務日となります(勤務5時間)。

[休日]
土・日・祝日

[保険]
社会保険加入

[応募方法]
履歴書、研究業績リスト、抱負(200字程度)を郵送またはメール添付でお送りください。推薦状があれば添付してください。

[締切]
2015年12月7日(必着)

[選考内容・結果通知方法]
書類選考の後、面接を行います。遠方の場合はテレビ会議による面接も可能です。結果は後日メールでお知らせします。応募書類は返却いたしかねます。

[送付先・問い合わせ先]
〒259-1193神奈川県伊勢原市下糟屋143
東海大学医学部基礎医学系分子生命科学
今西 規 宛
E-mail: bmi-sec@ml.tokai-u.jp
Tel: 0463-93-1121内線2143

AMEDの感染症研究国際展開戦略プログラムに採択されました

October 13th, 2015 | Posted by Tadashi Imanishi in News - (Comments Off on AMEDの感染症研究国際展開戦略プログラムに採択されました)

このたび当研究室は、日本医療研究開発機構(AMED)の感染症研究国際展開戦略プログラム(J-GRID)の平成27年度追加公募に採択されました。課題名は「迅速・正確な感染症診断を可能にする病原微生物同定システムの開発」(代表:今西規)で、新型のDNAシーケンサとバイオインフォマティクスを使った感染症研究です。特に、①定量的16S rRNA解析、②高速ゲノム配列解析、③クラウド上解析ソフト開発、の3項目について、東海大学医学部外科学系救命救急医学の井上茂亮准教授、内科学系呼吸器内科の浅野浩一郎教授とともに、研究を進めてまいります。研究成果は本ホームページからも発信していく予定です。

採択のニュース(AMED)

東海大学医学部1年生の体験学習を実施

September 4th, 2015 | Posted by Tadashi Imanishi in Event - (Comments Off on 東海大学医学部1年生の体験学習を実施)

当研究室では2015年8月31日から9月4日まで、毎年恒例の医学部1年生向けの体験学習を実施しました。「ヒトゲノム情報解析入門」というタイトルで、4名の学生にヒトゲノム情報の計算機解析を体験してもらいました。配列データベースに対するBLAST検索や、個人ゲノム解析による表現型予測、論文紹介セミナーへの参加など、充実した内容でした。

20150904_Lecture2015

Sep. 4th 2015,
Back: Habara, Shibata., Kryukov, Imanishi, Nakagawa, Takahashi
Front: Students

トランスクリプトーム解析に基づくヒト遺伝子の統合データベースH-InvDBの新リリース公開

May 27th, 2015 | Posted by Tadashi Imanishi in Database - (Comments Off on トランスクリプトーム解析に基づくヒト遺伝子の統合データベースH-InvDBの新リリース公開)

当研究室では、ヒトの転写産物であるmRNAやcDNAの配列データに基づいてさまざまなバイオインフォマティクス解析を行うことにより、ヒト遺伝子の構造やタンパク質の機能に関する豊富なアノテーション(注釈付け)情報を整備し、統合データベースH-InvDBを構築しています。新規に収集した転写産物の配列データを用いて、2015年5月にH-InvDBの最新バージョン9.0を作成して公開しました。ここでは、220,058件のヒト転写産物の配列データに基づいて、48,065のヒト遺伝子候補を同定しました。今回のバージョンで改良された点としては、転写産物に付与するHUGO Gene Symbolを遺伝子座ごとに統一したことや、UniProt/SwissProtおよびRefSeq Proteinとの対比に基づいて個々のタンパク質機能を記述する方式に変更したことなどです。また、以前のバージョンと比較すると、56件の遺伝子について新たに機能情報が追加されました。
ご利用はこちらから。
http://hinv.jp/hinv/ahg-db/index_ja.jsp