Welcome to Biomedical Informatics Laboratory
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2017年5月22-24日に開催されるNGS現場の会第5回研究会(仙台)で、当研究室の研究成果を発表します。23日(火)のセッション「シン・NGS:現実(ナウ)対 此後(ジセダイ)」では、演題名「ナノポアシークエンス技術を活用したポータブルかつ迅速な微生物同定システム」で口頭発表+シーケンス実演を行う予定です。ポスター発表もあります。

セッションの詳細はこちら。

研究室の窓からは伊勢原の東側、厚木方面がよく見えます。今日は昼過ぎに激しい雷雨があり、すぐ近所に雷が落ちました。この季節は大気が不安定で、よくこのような光景を見ることがあります。

当研究室では遺伝的形質に関連するゲノム多型のデータベースVarySysDB Disease Edition (VaDE)を開発・公開していますが、サーバにトラブルが発生し、一時的に公開サイトを閉鎖していました。利用者の方々にはご迷惑をおかけしましたが、復旧いたしました。
なお、ウェブサイトはこちらです。
http://bmi-tokai.jp/VaDE/

3月31日に、当研究室で1年間、特定研究員として活躍してくださった三橋里美研究員の送別会を開催しました。今後のご発展をお祈りします(前列中央)。

2017年2月13日から17日まで、東海大学医学部の1年生4名が体験学習として当研究室に参加しました。計算機を使ったゲノム情報解析やセミナーへの参加などを通じて、基礎医学の研究室での日常を体験してもらいました。

students of Tokai Univ and our laboratory members

ゲノム科学分野の特定研究員(ポスドク)・研究技術員(修士以上)を募集(終了しました)

February 3rd, 2017 | Posted by Tadashi Imanishi in Event | News - (Comments Off on ゲノム科学分野の特定研究員(ポスドク)・研究技術員(修士以上)を募集(終了しました))

当研究室では日本医療研究開発機構(AMED)感染症研究国際展開戦略プログラム(J-GRID)の支援による研究課題「迅速・正確な感染症診断を可能にする病原微生物同定システムの開発」(代表:今西規)を実施しており、ナノポアや次世代シーケンサを利用したゲノム診断システムの開発と、各種疾患に関わる細菌叢の解明をめざした研究に取り組んでいます。本研究におけるゲノム解析(ウェットまたはドライ解析)を担当する特定研究員(ポスドク)または研究技術員(修士以上)を募集します。ゲノム科学研究の経験者を歓迎しますが、DNA解析の基本を習得された方ならば次世代シーケンサは未経験でも可です。「ゲノム情報を生かした未来の医療を創る」という研究室のモットーに賛同し、チャレンジ精神にあふれる方のご応募をお待ちしています。

[追記] 本公募は終了しました。

先進医薬研究振興財団の研究助成金に採択されました

December 16th, 2016 | Posted by Tadashi Imanishi in News - (Comments Off on 先進医薬研究振興財団の研究助成金に採択されました)

公益財団法人先進医薬研究振興財団の一般研究助成金(血液医学分野)に採択されました。課題名は「ランダムDNAバーコードを用いた血液感染症のゲノム診断技術の開発」(代表:今西規)です。われわれは、メタゲノム解析に定量技術を導入することをめざしています。

採択のニュースはこちら

ゲノム配列データに混入したヒト配列について、論文発表しました

September 11th, 2016 | Posted by Tadashi Imanishi in News | Paper - (Comments Off on ゲノム配列データに混入したヒト配列について、論文発表しました)

公開されているさまざまな生物の全ゲノム配列データには、ヒト由来のDNA配列が混入していることを突き止め、PLoS One誌に論文を発表しました。

Kryukov K, and Imanishi T (2016) Human contamination in public genome assemblies. PLoS One 11(9): e0162424. Web PDF

plosone_paper

縄文人のゲノム解析に関する共著論文が発表されました

September 1st, 2016 | Posted by Tadashi Imanishi in News | Paper - (Comments Off on 縄文人のゲノム解析に関する共著論文が発表されました)

縄文人のゲノム解析に関する共著論文が発表されました。当研究室のKryukov研究員が参加しています。

Kanzawa-Kiriyama H, Kryukov K, et al. (2016)

A partial nuclear genome of the Jomons who lived 3000 years ago in Fukushima, Japan.
Journal of Human Genetics

http://www.nature.com/jhg/journal/vaop/ncurrent/full/jhg2016110a.html

朝日新聞の記事はこちら

ハゼ科魚類キヌバリとチャガラの核DNAとミトコンドリアDNAを用いた種分化の解析

May 16th, 2016 | Posted by So Nakagawa in News | Paper - (Comments Off on ハゼ科魚類キヌバリとチャガラの核DNAとミトコンドリアDNAを用いた種分化の解析)

助教の中川が加わったハゼ科魚類キヌバリとチャガラの種分化の研究について、先週の金曜日に報道発表がありました(論文は昨年末にオンライン公開されていました)。

論文のリンク:http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0378111915012226
宮内庁のリンク(日本語での要約があります):http://www.kunaicho.go.jp/page/ronbun/show/1

種の系統関係を調べるためには、連鎖していない様々なlocusのDNA配列を解析し、かつ形態的特徴を精緻に観察して比較すること、というメッセージはとても重要だと個人的には考えています。

こちら下記のメディア等でも報道されました:朝日新聞日経新聞