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3月31日に、当研究室で1年間、特定研究員として活躍してくださった三橋里美研究員の送別会を開催しました。今後のご発展をお祈りします(前列中央)。

2017年2月13日から17日まで、東海大学医学部の1年生4名が体験学習として当研究室に参加しました。計算機を使ったゲノム情報解析やセミナーへの参加などを通じて、基礎医学の研究室での日常を体験してもらいました。

students of Tokai Univ and our laboratory members

ゲノム科学分野の特定研究員(ポスドク)・研究技術員(修士以上)を募集(終了しました)

February 3rd, 2017 | Posted by Tadashi Imanishi in Event | News - (Comments Off on ゲノム科学分野の特定研究員(ポスドク)・研究技術員(修士以上)を募集(終了しました))

当研究室では日本医療研究開発機構(AMED)感染症研究国際展開戦略プログラム(J-GRID)の支援による研究課題「迅速・正確な感染症診断を可能にする病原微生物同定システムの開発」(代表:今西規)を実施しており、ナノポアや次世代シーケンサを利用したゲノム診断システムの開発と、各種疾患に関わる細菌叢の解明をめざした研究に取り組んでいます。本研究におけるゲノム解析(ウェットまたはドライ解析)を担当する特定研究員(ポスドク)または研究技術員(修士以上)を募集します。ゲノム科学研究の経験者を歓迎しますが、DNA解析の基本を習得された方ならば次世代シーケンサは未経験でも可です。「ゲノム情報を生かした未来の医療を創る」という研究室のモットーに賛同し、チャレンジ精神にあふれる方のご応募をお待ちしています。

[追記] 本公募は終了しました。

先進医薬研究振興財団の研究助成金に採択されました

December 16th, 2016 | Posted by Tadashi Imanishi in News - (Comments Off on 先進医薬研究振興財団の研究助成金に採択されました)

公益財団法人先進医薬研究振興財団の一般研究助成金(血液医学分野)に採択されました。課題名は「ランダムDNAバーコードを用いた血液感染症のゲノム診断技術の開発」(代表:今西規)です。われわれは、メタゲノム解析に定量技術を導入することをめざしています。

採択のニュースはこちら

ゲノム配列データに混入したヒト配列について、論文発表しました

September 11th, 2016 | Posted by Tadashi Imanishi in News | Paper - (Comments Off on ゲノム配列データに混入したヒト配列について、論文発表しました)

公開されているさまざまな生物の全ゲノム配列データには、ヒト由来のDNA配列が混入していることを突き止め、PLoS One誌に論文を発表しました。

Kryukov K, and Imanishi T (2016) Human contamination in public genome assemblies. PLoS One 11(9): e0162424. Web PDF

plosone_paper

縄文人のゲノム解析に関する共著論文が発表されました

September 1st, 2016 | Posted by Tadashi Imanishi in News | Paper - (Comments Off on 縄文人のゲノム解析に関する共著論文が発表されました)

縄文人のゲノム解析に関する共著論文が発表されました。当研究室のKryukov研究員が参加しています。

Kanzawa-Kiriyama H, Kryukov K, et al. (2016)

A partial nuclear genome of the Jomons who lived 3000 years ago in Fukushima, Japan.
Journal of Human Genetics

http://www.nature.com/jhg/journal/vaop/ncurrent/full/jhg2016110a.html

朝日新聞の記事はこちら

ハゼ科魚類キヌバリとチャガラの核DNAとミトコンドリアDNAを用いた種分化の解析

May 16th, 2016 | Posted by So Nakagawa in News | Paper - (Comments Off on ハゼ科魚類キヌバリとチャガラの核DNAとミトコンドリアDNAを用いた種分化の解析)

助教の中川が加わったハゼ科魚類キヌバリとチャガラの種分化の研究について、先週の金曜日に報道発表がありました(論文は昨年末にオンライン公開されていました)。

論文のリンク:http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0378111915012226
宮内庁のリンク(日本語での要約があります):http://www.kunaicho.go.jp/page/ronbun/show/1

種の系統関係を調べるためには、連鎖していない様々なlocusのDNA配列を解析し、かつ形態的特徴を精緻に観察して比較すること、というメッセージはとても重要だと個人的には考えています。

こちら下記のメディア等でも報道されました:朝日新聞日経新聞

ゲノムに内在性したウイルスに由来する配列データベースgEVE

May 4th, 2016 | Posted by So Nakagawa in Database | Paper - (Comments Off on ゲノムに内在性したウイルスに由来する配列データベースgEVE)

助教の中川と特定研究員の上田が開発を進める哺乳類20ゲノム配列中に存在する蛋白質をコードする可能性のある内在性ウイルス由来の配列データベース(gEVE)に関する論文がOxford University PressのDatabaseに受理されました。

研究業績を御覧ください。

株式会社ジーンクエストとの共同研究

March 10th, 2016 | Posted by Tadashi Imanishi in Database | News - (Comments Off on 株式会社ジーンクエストとの共同研究)

当研究室と株式会社ジーンクエストの間の共同研究について、その概要が公表されました。ジーンクエスト社からは、当研究室で開発を進めているゲノム多型情報データベースVaDE(http://bmi-tokai.jp/VaDE/)の研究活動に対し、ご支援をいただいています。

ゲノム医療の基礎となるエビデンスを大量の学術文献から抽出するアノテーション作業は、非常に手間のかかる仕事です。われわれは今後もより多くの研究者や民間企業とも連携しつつ、確かなエビデンスの収集を進めていきたいと考えています。

ジーンクエスト社のニュースリリースは、こちら

大川情報通信基金の研究助成贈呈式に出席しました

March 8th, 2016 | Posted by Tadashi Imanishi in Conference | Event | News - (Comments Off on 大川情報通信基金の研究助成贈呈式に出席しました)

3月2日にANAインターコンチネンタルホテル東京で開催された公益財団法人大川情報通信基金の研究助成受賞式に出席しました。これは、情報・通信分野において、独創性のある、先進的または社会的に有用な調査・研究に対する助成金です。助成を受ける研究テーマは「迅速な感染症診断のためのシーケンサ連動型ゲノム検索ソフトウエアの開発」(代表:今西規)です。
たいへん立派な贈呈式で、研究助成贈呈書(下図)もいただき、感慨ひとしおです。

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