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AMEDの感染症研究国際展開戦略プログラムに採択されました

October 13th, 2015 | Posted by Tadashi Imanishi in News - (Comments Off on AMEDの感染症研究国際展開戦略プログラムに採択されました)

このたび当研究室は、日本医療研究開発機構(AMED)の感染症研究国際展開戦略プログラム(J-GRID)の平成27年度追加公募に採択されました。課題名は「迅速・正確な感染症診断を可能にする病原微生物同定システムの開発」(代表:今西規)で、新型のDNAシーケンサとバイオインフォマティクスを使った感染症研究です。特に、①定量的16S rRNA解析、②高速ゲノム配列解析、③クラウド上解析ソフト開発、の3項目について、東海大学医学部外科学系救命救急医学の井上茂亮准教授、内科学系呼吸器内科の浅野浩一郎教授とともに、研究を進めてまいります。研究成果は本ホームページからも発信していく予定です。

採択のニュース(AMED)

東海大学医学部1年生の体験学習を実施

September 4th, 2015 | Posted by Tadashi Imanishi in Event - (Comments Off on 東海大学医学部1年生の体験学習を実施)

当研究室では2015年8月31日から9月4日まで、毎年恒例の医学部1年生向けの体験学習を実施しました。「ヒトゲノム情報解析入門」というタイトルで、4名の学生にヒトゲノム情報の計算機解析を体験してもらいました。配列データベースに対するBLAST検索や、個人ゲノム解析による表現型予測、論文紹介セミナーへの参加など、充実した内容でした。

20150904_Lecture2015

Sep. 4th 2015,
Back: Habara, Shibata., Kryukov, Imanishi, Nakagawa, Takahashi
Front: Students

トランスクリプトーム解析に基づくヒト遺伝子の統合データベースH-InvDBの新リリース公開

May 27th, 2015 | Posted by Tadashi Imanishi in Database - (Comments Off on トランスクリプトーム解析に基づくヒト遺伝子の統合データベースH-InvDBの新リリース公開)

当研究室では、ヒトの転写産物であるmRNAやcDNAの配列データに基づいてさまざまなバイオインフォマティクス解析を行うことにより、ヒト遺伝子の構造やタンパク質の機能に関する豊富なアノテーション(注釈付け)情報を整備し、統合データベースH-InvDBを構築しています。新規に収集した転写産物の配列データを用いて、2015年5月にH-InvDBの最新バージョン9.0を作成して公開しました。ここでは、220,058件のヒト転写産物の配列データに基づいて、48,065のヒト遺伝子候補を同定しました。今回のバージョンで改良された点としては、転写産物に付与するHUGO Gene Symbolを遺伝子座ごとに統一したことや、UniProt/SwissProtおよびRefSeq Proteinとの対比に基づいて個々のタンパク質機能を記述する方式に変更したことなどです。また、以前のバージョンと比較すると、56件の遺伝子について新たに機能情報が追加されました。
ご利用はこちらから。
http://hinv.jp/hinv/ahg-db/index_ja.jsp

大学院生を募集中(平成28年度)

May 10th, 2015 | Posted by Tadashi Imanishi in News - (Comments Off on 大学院生を募集中(平成28年度))

当研究室では、平成28年度の東海大学大学院医学研究科の大学院生(修士・博士)を募集しています。
私たちは、生命の神秘や疾患の原因解明をめざして、ゲノムをはじめとする生命情報の解析に取り組んでいます。ぜひ皆さんも生命情報学にチャレンジしてみませんか。情熱とやる気があれば、知識や経験は問いません。
私立大学の大学院は学費がやや高いので敬遠されがちですが、東海大学には奨学金やTAなど各種の支援制度があるので、ぜひ活用してください。応募をお待ちしています。

東海大学大学院・募集要項

学費・奨学金等の案内

ネコ白血病ウイルスのgag遺伝子の多様性を解明

April 28th, 2015 | Posted by So Nakagawa in Paper - (Comments Off on ネコ白血病ウイルスのgag遺伝子の多様性を解明)

ネコ白血病ウイルス(FeLV)のgag遺伝子を日本全国のネコから収集し、解析をした研究成果をVirus Research誌に報告しました。
こちらは山口大学共同獣医学部の西垣一男先生との共同研究です。

Genetic diversity in the feline leukemia virus gag gene
Kawamura M, Watanabe S, Odahara Y, Nakagawa S, Endo Y, Tsujimoto H, Nishigaki K.
Virus Res. 2015 Apr 17. pii: S0168-1702(15)00142-2. doi: 10.1016/j.virusres.2015.04.008. [Epub ahead of print]

外来性のFeLVに加えてゲノムに内在化したFeVL(enFeLV)を含めて解析し、外来性と内在性が相同組換えを繰り返して多様性を生み出していることを明らかにしました。

UJA presents「留学のすゝめ!」

April 28th, 2015 | Posted by So Nakagawa in Uncategorized - (Comments Off on UJA presents「留学のすゝめ!」)

助教の中川が世話人をしている海外日本人研究者ネットワークUJA(United Japanese Researchers Around the World)が実験医学とタイアップしてスタートした「留学のすゝめ!」の連載が開始しました。様々な研究者の留学体験記が掲載されています、詳細は下記のリンクを御覧ください:

UJA Finding Our Way 留学体験記
羊土社、実験医学の特設サイト

 

VaDE開発支援のお願い

April 14th, 2015 | Posted by Tadashi Imanishi in Database | News - (Comments Off on VaDE開発支援のお願い)

日頃よりVaDEデータベースをご利用いただきまして、ありがとうございます。

VaDEデータベースでは多くの学術論文からヒトの表現型の多様性に関わるゲノム多型の情報を収集し、一般公開しています。2015年3月にはデータを追加・更新したリリース1.5を公開しました。さらに近日中には検索機能を拡充した1.51をリリース予定です。

VaDEデータベースの特徴は、人類集団ごとに、複数の独立なサンプルを用いた研究で関連性が再現されたゲノム多型を表示できることです。例えば、東アジア人で再現性の認められたすべての疾患関連ゲノム多型を検索して表示し、ダウンロードできるほか、多型を示すゲノム位置の機能や連鎖不平衡に関する情報も提供しています。各データへのリンクを張ることも容易です。今後もぜひご活用いただけますと幸いです。

疾患リスク予測におけるエビデンスの重要性は広く認識されていますが、VaDEデータベースは日本におけるエビデンスの集積をめざして、これまで2年間にわたり科研費・研究成果公開促進費の支援で運営されてきました。ところが、2015年度は研究資金の獲得ができず運営が困難な状況に直面しています。そこで、データベース利用者の皆様に、何らかの形でのご支援をお願いする次第です。具体的には、(1)学術論文からのエビデンス情報の提供、(2)共同研究・受託研究等の形でのご支援、等を想定しています。ご支援をいただいた皆様には、VaDEの次期バージョンの追加データの先行提供や、ご希望の表現型(特定の疾患など)に関するデータの優先的な追加、高精度なリスク予測ツールなどをご提供可能です。

ぜひ、本プロジェクトへのご支援を賜りますよう、よろしくお願い申し上げます。

連絡先: 疾患リスク情報データベース・プロジェクト(vade@ml.tokai-u.jp)

東海大学医学部基礎医学系分子生命科学・教授  今西 規

2015年3月27日 遺伝的形質のゲノム情報データベースVaDE version 1.5を公開

April 2nd, 2015 | Posted by Yasuko Takahashi in Uncategorized - (Comments Off on 2015年3月27日 遺伝的形質のゲノム情報データベースVaDE version 1.5を公開)

VaDEは、学術文献で報告されている疾患発症リスク・薬剤応答性・体質に関わるゲノム多型情報、および、その機能や連鎖不平衡の情報を提供しています。 VaDEデータベースの特徴は、人類集団ごとに、複数の独立なサンプルを用いた研究で関連性が再現されたゲノム多型を表示できることです。例えば、東アジ ア人で再現性の認められたすべての疾患関連ゲノム多型を検索して表示し、ダウンロードできるほか、多型を示すゲノム位置の機能に関する情報も提供していま す。ゲノム多型を疾患リスクの予測に使う研究が広まりつつありますが、本データベースは信頼性の高い疾患関連ゲノム多型をそのエビデンスとともに提供しま す。
なお、本データベースは平成25-26年度科研費・研究成果公開促進費「データベース」(JSPS科研費、258055および268046)の助成を受けて開発されています。
URLは http://bmi-tokai.jp/VaDE/ です。

イエネコの移動経路をレトロウイルスを用いて解析

February 3rd, 2015 | Posted by So Nakagawa in Paper - (Comments Off on イエネコの移動経路をレトロウイルスを用いて解析)

本研究室の中川助教が宮沢孝幸 京都大学ウイルス研究所 准教授と下出紗弓 京都大学大学院 医学研究科博士課程学生(日本学術振興会特別研究員DC2)との共同研究が2015年2月2日付の英国Nature Publishing Groupのオンライン科学雑誌「Scientific Reports」に掲載されました。

Sayumi Shimode, So Nakagawa & Takayuki Miyazawa
Multiple invasions of an infectious retrovirus in cat genomes.
Scientific Reports 5, Article number: 8164 doi:10.1038/srep08164
http://www.nature.com/srep/2015/150202/srep08164/full/srep08164.html

本研究にてイエネコの移動経路・各品種の起源を解明するための有用な指標となる内在性レトロウイルス(過去に感染したレトロウイルスの痕跡)を発見しました。イエネコの家畜化の歴史は約1万年前に中東で農耕の発達と共に始まったと考えられています。穀物を荒らすネズミの捕獲用として家畜化されたネコは、次第にその愛らしさから本来の役割よりも愛玩動物としての側面が重視され、様々な品種がつくられました。人々との暮らしを選ぶようになったネコのうち、ある集団は貿易商人やバイキングたちとヨーロッパを旅してまわり、大航海時代には新大陸へと上陸していきました。一方、あるネコたちは経典をネズミから守るために仏教徒と共にシルクロードを旅し、独自の形質を獲得したと考えられています。しかしながら、家畜化された後、ネコがどのように世界各地に移動し各品種がつくられたのか、その詳細は明らかにされていません。本研究ではイエネコのゲノムに刻み込まれたレトロウイルスの度重なる侵略を受けた痕跡(内在性レトロウイルス)を調べることで、ネコの移動の歴史を明らかにできることを示しました。今後、内在性レトロウイルスの保有状況を詳しく調べることで、イエネコの移動歴をより詳細に明らかにすることができると期待されます。また、本研究は、レトロウイルスの内在化過程を調べる上で、イエネコは貴重なモデルとなりうることを示しています。

研究結果はChicago Tribune日本経済新聞産経新聞(関西版)東京新聞ハフィントン・ポストサイエンスポータル毎日新聞(web)マイナビニュース、2月4日のフジテレビ系列「ニュースJAPAN」などのメディアにて報道されました。

大学院生を募集中

December 31st, 2014 | Posted by Tadashi Imanishi in News - (Comments Off on 大学院生を募集中)

当研究室では、平成27年度の東海大学大学院医学研究科の大学院生(修士・博士)を募集しています。
私たちは、生命の神秘や疾患の原因解明をめざして、ゲノムをはじめとする生命情報の解析に取り組んでいます。ぜひ皆さんも生命情報学にチャレンジしてみませんか。情熱とやる気があれば、知識や経験は問いません。
私立大学の大学院は学費がやや高いので敬遠されがちですが、東海大学には奨学金やTAなど各種の支援制度があるので、ぜひ活用してください。応募をお待ちしています。

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