Welcome to Biomedical Informatics Laboratory
Header
Genome analysis
Header
Bioinformatics
Header

ゲノム科学分野の特定研究員(ポスドク)・研究技術員(修士以上)を再募集

December 22nd, 2015 | Posted by Tadashi Imanishi in Event | News - (Comments Off on ゲノム科学分野の特定研究員(ポスドク)・研究技術員(修士以上)を再募集)

当研究室では、2015年10月より日本医療研究開発機構(AMED)感染症研究国際展開戦略プログラム(J-GRID)の支援による研究課題「迅速・正確な感染症診断を可能にする病原微生物同定システムの開発」(代表:今西規)を実施しており、次世代シーケンサ等を利用したゲノム診断技術の開発に取り組んでいます。本研究において主にウェットの実験部分を担当する特定研究員(ポスドク)または研究技術員(修士以上)を募集します。ゲノム科学研究の経験者を歓迎しますが、DNA解析の基本を習得された方ならば、次世代シーケンサは未経験でも可です。「ゲノム情報を生かした未来の医療を創る」という研究室のモットーに賛同し、チャレンジ精神にあふれた方のご応募をお待ちしています。

[業務内容]
次世代シーケンサ等を用いたゲノム配列解析(主にウェットの実験部分を担当する)

[勤務地]
〒259-1193神奈川県伊勢原市下糟屋143
東海大学医学部基礎医学系分子生命科学

[募集人員]
1名

[着任時期]
2016年2月1日以降

[雇用期間]
2016年3月末まで(2016年度予算確定後に延長する可能性あり)

[職名]
特定研究員(ポスドク)または研究技術員(修士以上)

[給与]
東海大学の規定による。交通費支給。

[勤務時間]
原則的には月-金で1日7時間ですが、相談に応じます。
特定研究員の場合は、毎月第1、第3、第5土曜日も勤務日となります(勤務5時間)。

[休日]
土・日・祝日

[保険]
社会保険加入

[応募方法]
履歴書、研究業績リスト、抱負(200字程度)を郵送またはメール添付でお送りください。推薦状があれば添付してください。

[締切]
2016年1月8日(必着)

[選考内容・結果通知方法]
書類選考の後、面接を行います。遠方の場合はテレビ会議による面接も可能です。結果は後日メールでお知らせします。応募書類は返却いたしかねます。

[送付先・問い合わせ先]
〒259-1193神奈川県伊勢原市下糟屋143
東海大学医学部基礎医学系分子生命科学
今西 規 宛
E-mail: bmi-sec@ml.tokai-u.jp
Tel: 0463-93-1121内線2143

大川情報通信基金の研究助成に採択されました

December 1st, 2015 | Posted by Tadashi Imanishi in News - (Comments Off on 大川情報通信基金の研究助成に採択されました)

このたび当研究室は、公益財団法人大川情報通信基金の研究助成に採択されました。これは、情報・通信分野において、独創性のある、先進的または社会的に有用な調査・研究に対する助成金です。研究テーマは「迅速な感染症診断のためのシーケンサ連動型ゲノム検索ソフトウエアの開発」(代表:今西規)です。感染症のゲノム診断に必要な時間の短縮のため、次世代シーケンサの出力する配列データをリアルタイムに解析するソフトウエアを開発します。

大川情報通信基金のページはこちら

ゲノム科学分野の特定研究員(ポスドク)または研究技術員(修士以上)を募集

November 16th, 2015 | Posted by Tadashi Imanishi in News - (Comments Off on ゲノム科学分野の特定研究員(ポスドク)または研究技術員(修士以上)を募集)

当研究室では、2015年10月より日本医療研究開発機構(AMED)感染症研究国際展開戦略プログラム(J-GRID)の支援による研究課題「迅速・正確な感染症診断を可能にする病原微生物同定システムの開発」(代表:今西規)を実施しており、次世代シーケンサ等を利用したゲノム診断技術の開発に取り組んでいます。本研究において主にウェットの実験部分を担当する特定研究員(ポスドク)または研究技術員(修士以上)を募集します。ゲノム科学研究の経験者を歓迎しますが、DNA解析の基本を習得された方ならば、次世代シーケンサは未経験でも可です。「ゲノム情報を生かした未来の医療を創る」という研究室のモットーに賛同し、チャレンジ精神にあふれた方のご応募をお待ちしています。

[業務内容]
次世代シーケンサ等を用いたゲノム配列解析(主にウェットの実験部分を担当する)

[勤務地]
〒259-1193神奈川県伊勢原市下糟屋143
東海大学医学部基礎医学系分子生命科学

[募集人員]
1名

[着任時期]
2016年1月1日以降

[雇用期間]
2016年3月末まで(延長する可能性あり)

[職名]
特定研究員(ポスドク)または研究技術員(修士以上)

[給与]
東海大学の規定による。交通費支給。

[勤務時間]
原則的には月-金で1日7時間ですが、相談に応じます。
特定研究員の場合は、毎月第1、第3、第5土曜日も勤務日となります(勤務5時間)。

[休日]
土・日・祝日

[保険]
社会保険加入

[応募方法]
履歴書、研究業績リスト、抱負(200字程度)を郵送またはメール添付でお送りください。推薦状があれば添付してください。

[締切]
2015年12月7日(必着)

[選考内容・結果通知方法]
書類選考の後、面接を行います。遠方の場合はテレビ会議による面接も可能です。結果は後日メールでお知らせします。応募書類は返却いたしかねます。

[送付先・問い合わせ先]
〒259-1193神奈川県伊勢原市下糟屋143
東海大学医学部基礎医学系分子生命科学
今西 規 宛
E-mail: bmi-sec@ml.tokai-u.jp
Tel: 0463-93-1121内線2143

AMEDの感染症研究国際展開戦略プログラムに採択されました

October 13th, 2015 | Posted by Tadashi Imanishi in News - (Comments Off on AMEDの感染症研究国際展開戦略プログラムに採択されました)

このたび当研究室は、日本医療研究開発機構(AMED)の感染症研究国際展開戦略プログラム(J-GRID)の平成27年度追加公募に採択されました。課題名は「迅速・正確な感染症診断を可能にする病原微生物同定システムの開発」(代表:今西規)で、新型のDNAシーケンサとバイオインフォマティクスを使った感染症研究です。特に、①定量的16S rRNA解析、②高速ゲノム配列解析、③クラウド上解析ソフト開発、の3項目について、東海大学医学部外科学系救命救急医学の井上茂亮准教授、内科学系呼吸器内科の浅野浩一郎教授とともに、研究を進めてまいります。研究成果は本ホームページからも発信していく予定です。

採択のニュース(AMED)

東海大学医学部1年生の体験学習を実施

September 4th, 2015 | Posted by Tadashi Imanishi in Event - (Comments Off on 東海大学医学部1年生の体験学習を実施)

当研究室では2015年8月31日から9月4日まで、毎年恒例の医学部1年生向けの体験学習を実施しました。「ヒトゲノム情報解析入門」というタイトルで、4名の学生にヒトゲノム情報の計算機解析を体験してもらいました。配列データベースに対するBLAST検索や、個人ゲノム解析による表現型予測、論文紹介セミナーへの参加など、充実した内容でした。

20150904_Lecture2015

Sep. 4th 2015,
Back: Habara, Shibata., Kryukov, Imanishi, Nakagawa, Takahashi
Front: Students

トランスクリプトーム解析に基づくヒト遺伝子の統合データベースH-InvDBの新リリース公開

May 27th, 2015 | Posted by Tadashi Imanishi in Database - (Comments Off on トランスクリプトーム解析に基づくヒト遺伝子の統合データベースH-InvDBの新リリース公開)

当研究室では、ヒトの転写産物であるmRNAやcDNAの配列データに基づいてさまざまなバイオインフォマティクス解析を行うことにより、ヒト遺伝子の構造やタンパク質の機能に関する豊富なアノテーション(注釈付け)情報を整備し、統合データベースH-InvDBを構築しています。新規に収集した転写産物の配列データを用いて、2015年5月にH-InvDBの最新バージョン9.0を作成して公開しました。ここでは、220,058件のヒト転写産物の配列データに基づいて、48,065のヒト遺伝子候補を同定しました。今回のバージョンで改良された点としては、転写産物に付与するHUGO Gene Symbolを遺伝子座ごとに統一したことや、UniProt/SwissProtおよびRefSeq Proteinとの対比に基づいて個々のタンパク質機能を記述する方式に変更したことなどです。また、以前のバージョンと比較すると、56件の遺伝子について新たに機能情報が追加されました。
ご利用はこちらから。
http://hinv.jp/hinv/ahg-db/index_ja.jsp

大学院生を募集中(平成28年度)

May 10th, 2015 | Posted by Tadashi Imanishi in News - (Comments Off on 大学院生を募集中(平成28年度))

当研究室では、平成28年度の東海大学大学院医学研究科の大学院生(修士・博士)を募集しています。
私たちは、生命の神秘や疾患の原因解明をめざして、ゲノムをはじめとする生命情報の解析に取り組んでいます。ぜひ皆さんも生命情報学にチャレンジしてみませんか。情熱とやる気があれば、知識や経験は問いません。
私立大学の大学院は学費がやや高いので敬遠されがちですが、東海大学には奨学金やTAなど各種の支援制度があるので、ぜひ活用してください。応募をお待ちしています。

東海大学大学院・募集要項

学費・奨学金等の案内

ネコ白血病ウイルスのgag遺伝子の多様性を解明

April 28th, 2015 | Posted by So Nakagawa in Paper - (Comments Off on ネコ白血病ウイルスのgag遺伝子の多様性を解明)

ネコ白血病ウイルス(FeLV)のgag遺伝子を日本全国のネコから収集し、解析をした研究成果をVirus Research誌に報告しました。
こちらは山口大学共同獣医学部の西垣一男先生との共同研究です。

Genetic diversity in the feline leukemia virus gag gene
Kawamura M, Watanabe S, Odahara Y, Nakagawa S, Endo Y, Tsujimoto H, Nishigaki K.
Virus Res. 2015 Apr 17. pii: S0168-1702(15)00142-2. doi: 10.1016/j.virusres.2015.04.008. [Epub ahead of print]

外来性のFeLVに加えてゲノムに内在化したFeVL(enFeLV)を含めて解析し、外来性と内在性が相同組換えを繰り返して多様性を生み出していることを明らかにしました。

UJA presents「留学のすゝめ!」

April 28th, 2015 | Posted by So Nakagawa in Uncategorized - (Comments Off on UJA presents「留学のすゝめ!」)

助教の中川が世話人をしている海外日本人研究者ネットワークUJA(United Japanese Researchers Around the World)が実験医学とタイアップしてスタートした「留学のすゝめ!」の連載が開始しました。様々な研究者の留学体験記が掲載されています、詳細は下記のリンクを御覧ください:

UJA Finding Our Way 留学体験記
羊土社、実験医学の特設サイト

 

VaDE開発支援のお願い

April 14th, 2015 | Posted by Tadashi Imanishi in Database | News - (Comments Off on VaDE開発支援のお願い)

日頃よりVaDEデータベースをご利用いただきまして、ありがとうございます。

VaDEデータベースでは多くの学術論文からヒトの表現型の多様性に関わるゲノム多型の情報を収集し、一般公開しています。2015年3月にはデータを追加・更新したリリース1.5を公開しました。さらに近日中には検索機能を拡充した1.51をリリース予定です。

VaDEデータベースの特徴は、人類集団ごとに、複数の独立なサンプルを用いた研究で関連性が再現されたゲノム多型を表示できることです。例えば、東アジア人で再現性の認められたすべての疾患関連ゲノム多型を検索して表示し、ダウンロードできるほか、多型を示すゲノム位置の機能や連鎖不平衡に関する情報も提供しています。各データへのリンクを張ることも容易です。今後もぜひご活用いただけますと幸いです。

疾患リスク予測におけるエビデンスの重要性は広く認識されていますが、VaDEデータベースは日本におけるエビデンスの集積をめざして、これまで2年間にわたり科研費・研究成果公開促進費の支援で運営されてきました。ところが、2015年度は研究資金の獲得ができず運営が困難な状況に直面しています。そこで、データベース利用者の皆様に、何らかの形でのご支援をお願いする次第です。具体的には、(1)学術論文からのエビデンス情報の提供、(2)共同研究・受託研究等の形でのご支援、等を想定しています。ご支援をいただいた皆様には、VaDEの次期バージョンの追加データの先行提供や、ご希望の表現型(特定の疾患など)に関するデータの優先的な追加、高精度なリスク予測ツールなどをご提供可能です。

ぜひ、本プロジェクトへのご支援を賜りますよう、よろしくお願い申し上げます。

連絡先: 疾患リスク情報データベース・プロジェクト(vade@ml.tokai-u.jp)

東海大学医学部基礎医学系分子生命科学・教授  今西 規