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Kirill Kryukov研究員が最優秀発表賞を受賞

October 7th, 2014 | Posted by Tadashi Imanishi in Conference | News - (Comments Off on Kirill Kryukov研究員が最優秀発表賞を受賞)

2014年10月2-4日に仙台で開催された第三回生命医薬情報学連合大会で、本研究室のKirill Kryukov研究員は”Homology Search Management Tool”というタイトルでゲノム配列の相同性検索を支援するツールの開発について発表し、連合大会最優秀発表賞(IIBMP2014 Best Presentation Award)を受賞しました。同時に、Kryukov研究員は参加者が投票で選ぶ参加者セレクト賞(Community-Selected Excellent Poster Award)も受賞しました。

連合大会ホームページの受賞者一覧 https://biomedpharminfo.org/awards/

授賞式でのKryukov研究員(右) 賞状 賞品の萩の月
授賞式でのKryukov研究員(左)、賞状(中央)、賞品の萩の月(右)

生命医薬情報学連合大会 2014に参加しています!

October 2nd, 2014 | Posted by So Nakagawa in Conference - (Comments Off on 生命医薬情報学連合大会 2014に参加しています!)

10/2〜4に仙台で開催されている生命医薬情報学連合大会 2014に今西、中川、Kryukov、高橋が参加しています。

今西は初日のオミックス医療学会のワークショップにて、中川は二日目のJSBiハイライトトラック1にて口頭発表します。Kryukovと高橋はポスターにて研究発表予定です。

そして最終日のセッションではKryukovと今西が取り組んでいた匿名の被験者Xのゲノム解析の結果を発表します。

東海大学医学部1年生の体験学習「ヒトゲノム情報解析入門」

September 6th, 2014 | Posted by Tadashi Imanishi in News - (Comments Off on 東海大学医学部1年生の体験学習「ヒトゲノム情報解析入門」)

医学部1年生の学生4名が5日間にわたり当研究室に参加し、基礎研究の現場を体験しました。計算機を使って個人のゲノム情報の解析を行ったり、論文紹介セミナーに参加するなど、盛りだくさんの内容でした。

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VaDEデータベースの新versionを公開しました

August 25th, 2014 | Posted by Tadashi Imanishi in Database - (Comments Off on VaDEデータベースの新versionを公開しました)

遺伝的形質のゲノム情報データベース VarySysDB Disease Edition (VaDE)を更新し、version 1.3としました。

  • 関連の再現性の評価法をより厳密にし、独立な研究によって支持される疾患関連ゲノム多型の情報を提供。
  • 2型糖尿病に関連するゲノム多型の情報をマニュアルキュレーションによって追加。
  • 解説文の追記。

データベースのURLは http://bmi-tokai.jp/VaDE/ です。

vade_1.3

 

日本進化学会 第16回 大阪大会にてワークショップを開催しました

August 24th, 2014 | Posted by So Nakagawa in Seminar - (Comments Off on 日本進化学会 第16回 大阪大会にてワークショップを開催しました)

ワークショップ「ウイルスと宿主の共進化のダイナミクス」を名古屋市立大学の鈴木善幸教授と共同で本研究室の中川が開催いたしました。

W5:
ウイルスと宿主の共進化のダイナミクス
Dynamics of virus and host coevolution
日時場所
2014年 8月22日(金) 9:15〜11:15 , E会場(市民会館2階)

企画者
中川草(東海大)
鈴木善幸(名古屋市立大)

趣旨
近年シーケンス技術の向上に伴い様々な生物・ウイルスのゲノム配列が解読されてきた。その結果、宿主となる生物のゲノム配列の中にはウイルスの感染を防御するために変化してきた部分のみならず、ウイルスが宿主のゲノムに内在化し(内在性ウイルス、一部はレトロトランスポゾン)、その配列が宿主内で必須の機能を獲得することなど、様々な進化パターンが存在することが明らかになってきた。本ワークショップではウイルスと宿主の進化に関係する最新の研究結果を演者の方々からご報告いただき、その知見をふまえて参加者と議論していきたい。

予定演者
W5-1. 9:15-9:35
「胎盤と胚発生における内在性レトロウイルスの役割」
○宮沢孝幸(京大・ウイルス研)

W5-2. 9:35-9:55
「RNAを介した遺伝子の重複と進化に関わるレトロトランスポゾン」
○大島一彦(長浜バイオ大学・バイオサイエンス学部)

W5-3. 9:55-10:15
「レトロウイルス様配列による哺乳類皮膚表皮角質層機能の進化」
○松井毅(理研IMS)

W5-4. 10:15-10:35
「レンチウイルスと宿主の進化的軍拡競争の分子メカニズム」
○佐藤佳1、竹内(柴田)潤子1、小林朋子1、吉川禄助1、山田英里1、中野雄介1,2、任鳳蓉3、田中博3、小柳義夫1(1京大・ウイルス研、2熊大・院医、3東京医科歯科大)

W5-5. 10:35-10:55
「内在性ボルナ病ウイルス様エレメントと宿主の進化」
○小林由紀(日大・獣医)

W5-6. 10:55-11:05
「Packaging mechanisms in viruses with segmented genomes」
○鈴木善幸(名市大・院自然科学)

W5-7. 11:05-11:15
「哺乳類のゲノムに内在化したウイルス由来の配列データベース」
○中川草(東海大・医学部)

ご発表頂きました先生方、またご参加いただきましたみなさまにも大変感謝いたします。

P1020313
(こちらは懇親会での集合写真、京大霊長研の岡本先生、ウイルス研の吉川先生にもご参加いただきました)

ニホンザルFoamy virusに関する論文がonline公開されました

July 12th, 2014 | Posted by So Nakagawa in Paper - (Comments Off on ニホンザルFoamy virusに関する論文がonline公開されました)

助教の中川が京都大学ウイルス研究所の宮沢孝幸先生と共同で研究をしていたニホンザルFoamy virusに関する研究がGene誌に受理され、online公開されました

Yoshikawa R†, Nakagawa S†*, Okamura M and Miyazawa Y*.
Construction of an infectious clone of simian foamy virus of Japanese macaque (SFVjm) and phylogenetic analyses of SFVjm isolates.
Gene (accepted)

アクセプトの翌日に公開されたようです、Gene誌はonlie公開のスピードが早いですね!

VaDE version1.2を公開しました

June 26th, 2014 | Posted by Yoko Nagai in Uncategorized - (Comments Off on VaDE version1.2を公開しました)

遺伝的形質のゲノム情報データベース VarySysDB Disease Edition (VaDE)を公開しました。

  • 新しいURLはhttp://bmi-tokai.jp/VaDE/です。
  • ゲノムブラウザと日本語対応ページの公開。
  • データアップデート:関節リウマチおよび高血圧のマニュアルキュレーションデータを追加。
  • 機能拡張:レコードクリックによる詳細情報の表示、キーワード入力検索システム、形質のカテゴリー検索システム、内部リンクの充実。
  • バグ修正:外部リンクURLの修正。

VaDE TOP JP

ツェツェバエの全ゲノム解析に関する論文がScience誌に出版されました

April 26th, 2014 | Posted by So Nakagawa in Paper - (Comments Off on ツェツェバエの全ゲノム解析に関する論文がScience誌に出版されました)

ツェツェバエの全ゲノム解析に関する論文がScience誌に出版されました

眠り病として知られるアフリカトリパノソーマ症への感染を媒介するツェツェバエ(Glossina morsitans)について、366 MBの全ゲノム配列を決定し、さらに12,308個の予測遺伝子の機能を解明しました。これにより、ツェツェバエの吸血性や胎生・授乳といった奇妙な特徴に関連する遺伝子が明らかになり、今後の感染予防法の開発に役立つ多くのヒントが得られました。以上は国際Glossinaゲノムイニシアティブによる共同研究の成果です。

今西教授は、産業技術総合研究所でツェツェバエの個々の遺伝子の機能を適切に注釈付けする解析に貢献しました。なお、本研究はScience誌の表紙も飾っています。

International Glossina Genome Initiative (2014) Genome Sequence of the Tsetse Fly (Glossina morsitans): Vector of African Trypanosomiasis. Science 344(6182):380-386.

論文:http://www.sciencemag.org/content/344/6182/380
表紙:http://www.sciencemag.org/content/344/6182.cover-expansion

「再現性」のある疾患関連ゲノム多型のデータベースを公開

April 24th, 2014 | Posted by Yoko Nagai in Uncategorized - (Comments Off on 「再現性」のある疾患関連ゲノム多型のデータベースを公開)

学術文献で報告されている疾患発症リスク・薬剤応答性・体質に関わるゲノム多型の情報を網羅的に収集し、その機能や連鎖不平衡の情報をつけたデータベース”VarySysDB Disease Edition (VaDE)”を試験的に公開しました。VaDEデータベースの特徴は、人類集団ごとに、複数の独立なサンプルを用いた研究で関連性が再現されたゲノム多型を表示できることです。例えば、東アジア人で再現性の認められたすべての疾患関連ゲノム多型を検索して表示し、ダウンロードできるほか、多型を示すゲノム位置の機能に関する情報も提供しています。ゲノム多型を疾患リスクの予測に使う研究が広まりつつありますが、本データベースは信頼性の高い疾患関連ゲノム多型をそのエビデンスとともに提供します。

試験公開のサイトは、こちらです。今後の改良に活かしていきますので、利用者の方々から広くご意見をいただければ幸いです。

なお、本データベースは平成25-26年度科研費・研究成果公開促進費「データベース」(JSPS科研費、258055および268046)の助成を受けて開発されています。

VaDE  TOP

ネコMorbillivirusesに関する論文がOnlineにて公開されました

April 11th, 2014 | Posted by So Nakagawa in Paper - (Comments Off on ネコMorbillivirusesに関する論文がOnlineにて公開されました)

助教の中川が京都大学ウイルス研究所宮沢孝幸研究室らと共同で行った研究がJounal of General VirologyにてOnline公開されました。

Sakaguchi, S., Nakagawa, S., Yoshikawa, R., Kuwahara, C., Hagiwara, H., Asai, K., Kawakami, K., Yamamoto, Y., Ogawa, M. and Miyazawa, Y.* (2014)
Genetic diversity of feline morbilliviruses isolated in Japan.
Journal of General Virology (in press) Web PDF

アクセプトから二日での公開です、Editorial Officeの非常に早い仕事に驚きました。