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イエネコの移動経路をレトロウイルスを用いて解析

February 3rd, 2015 | Posted by So Nakagawa in Paper - (Comments Off on イエネコの移動経路をレトロウイルスを用いて解析)

本研究室の中川助教が宮沢孝幸 京都大学ウイルス研究所 准教授と下出紗弓 京都大学大学院 医学研究科博士課程学生(日本学術振興会特別研究員DC2)との共同研究が2015年2月2日付の英国Nature Publishing Groupのオンライン科学雑誌「Scientific Reports」に掲載されました。

Sayumi Shimode, So Nakagawa & Takayuki Miyazawa
Multiple invasions of an infectious retrovirus in cat genomes.
Scientific Reports 5, Article number: 8164 doi:10.1038/srep08164
http://www.nature.com/srep/2015/150202/srep08164/full/srep08164.html

本研究にてイエネコの移動経路・各品種の起源を解明するための有用な指標となる内在性レトロウイルス(過去に感染したレトロウイルスの痕跡)を発見しました。イエネコの家畜化の歴史は約1万年前に中東で農耕の発達と共に始まったと考えられています。穀物を荒らすネズミの捕獲用として家畜化されたネコは、次第にその愛らしさから本来の役割よりも愛玩動物としての側面が重視され、様々な品種がつくられました。人々との暮らしを選ぶようになったネコのうち、ある集団は貿易商人やバイキングたちとヨーロッパを旅してまわり、大航海時代には新大陸へと上陸していきました。一方、あるネコたちは経典をネズミから守るために仏教徒と共にシルクロードを旅し、独自の形質を獲得したと考えられています。しかしながら、家畜化された後、ネコがどのように世界各地に移動し各品種がつくられたのか、その詳細は明らかにされていません。本研究ではイエネコのゲノムに刻み込まれたレトロウイルスの度重なる侵略を受けた痕跡(内在性レトロウイルス)を調べることで、ネコの移動の歴史を明らかにできることを示しました。今後、内在性レトロウイルスの保有状況を詳しく調べることで、イエネコの移動歴をより詳細に明らかにすることができると期待されます。また、本研究は、レトロウイルスの内在化過程を調べる上で、イエネコは貴重なモデルとなりうることを示しています。

研究結果はChicago Tribune日本経済新聞産経新聞(関西版)東京新聞ハフィントン・ポストサイエンスポータル毎日新聞(web)マイナビニュース、2月4日のフジテレビ系列「ニュースJAPAN」などのメディアにて報道されました。

大学院生を募集中

December 31st, 2014 | Posted by Tadashi Imanishi in News - (Comments Off on 大学院生を募集中)

当研究室では、平成27年度の東海大学大学院医学研究科の大学院生(修士・博士)を募集しています。
私たちは、生命の神秘や疾患の原因解明をめざして、ゲノムをはじめとする生命情報の解析に取り組んでいます。ぜひ皆さんも生命情報学にチャレンジしてみませんか。情熱とやる気があれば、知識や経験は問いません。
私立大学の大学院は学費がやや高いので敬遠されがちですが、東海大学には奨学金やTAなど各種の支援制度があるので、ぜひ活用してください。応募をお待ちしています。

東海大学大学院・募集要項

学費・奨学金等の案内

システムエンジニア募集(終了しました)

December 9th, 2014 | Posted by Tadashi Imanishi in News - (Comments Off on システムエンジニア募集(終了しました))

当研究室におけるデータベース・ソフトウエアの研究開発業務に携わるシステムエンジニアを募集します。

業務内容
Linux上で稼働している既存のWebアプリケーションを改良するための
ソースコード調査、プログラム開発、ドキュメント作成の作業を行う。

必要なスキル
JavaによるWebアプリケーション開発(strutsの経験があればなお可)

期間:2015年2月2日(月)から3月31日(火)
勤務日:週5日(月ー金)
休日:土曜、日曜、祝日
勤務時間:9:00-17:00(勤務7時間、休憩1時間)、残業あり、詳細は応相談
勤務地:東海大学伊勢原キャンパス(小田急線伊勢原駅から20分)
時給:(規定により決定)
締切:2015年1月9日(金)(早く終了することがあります)(終了しました)

ご応募、ご質問等は今西までお願いします(imanishi@tokai-u.jp)。

疾患関連ゲノム多型のデータベースVaDEについて論文発表しました

November 7th, 2014 | Posted by Tadashi Imanishi in Database | Paper - (Comments Off on 疾患関連ゲノム多型のデータベースVaDEについて論文発表しました)

「再現性」に着目した疾患関連ゲノム多型のデータベースVaDEについて、論文をNucleic Acids Research誌に発表しました。オンラインでご覧いただけます。

Nagai Y†, Takahashi Y†, and Imanishi T* (2014) VaDE: a manually-curated database of reproducible associations between various traits and human genomic polymorphisms. Nucleic Acids Research, Database Issue 2014;doi:10.1093/nar/gku1037.

Webページ
PDFをダウンロード

個人ゲノム解析コンテストで最優秀賞を受賞

October 7th, 2014 | Posted by Tadashi Imanishi in Conference | News - (Comments Off on 個人ゲノム解析コンテストで最優秀賞を受賞)

2014年10月4日に仙台で開催された第三回生命医薬情報学連合大会の公開セッションでは、匿名個人のゲノム配列を使ってその個人が誰なのかを当てるという前代未聞の企画が実施されました。当研究室はこのコンテストに参加し、出生地や身体的特徴などのプロファイリング結果を発表しました。個人の特定には至らなかったものの、最優秀賞をいただくことができました。詳細は日経バイオテクONLINEの記事にも紹介されています(有料)。

第三回生命医薬情報学連合大会公開セッション https://biomedpharminfo.org/open_session/

日経バイオテクONLINE記事 第一報(有料) https://bio.nikkeibp.co.jp/article/news/20141006/179406/

日経バイオテクONLINE記事 第二報(有料) https://bio.nikkeibp.co.jp/article/news/20141009/179461/

 

宮田満氏から賞品を受け取る今西教授 賞品の萩の月
宮田満氏から賞品を受け取る今西教授(左)、賞品の萩の月(右)

Kirill Kryukov研究員が最優秀発表賞を受賞

October 7th, 2014 | Posted by Tadashi Imanishi in Conference | News - (Comments Off on Kirill Kryukov研究員が最優秀発表賞を受賞)

2014年10月2-4日に仙台で開催された第三回生命医薬情報学連合大会で、本研究室のKirill Kryukov研究員は”Homology Search Management Tool”というタイトルでゲノム配列の相同性検索を支援するツールの開発について発表し、連合大会最優秀発表賞(IIBMP2014 Best Presentation Award)を受賞しました。同時に、Kryukov研究員は参加者が投票で選ぶ参加者セレクト賞(Community-Selected Excellent Poster Award)も受賞しました。

連合大会ホームページの受賞者一覧 https://biomedpharminfo.org/awards/

授賞式でのKryukov研究員(右) 賞状 賞品の萩の月
授賞式でのKryukov研究員(左)、賞状(中央)、賞品の萩の月(右)

生命医薬情報学連合大会 2014に参加しています!

October 2nd, 2014 | Posted by So Nakagawa in Conference - (Comments Off on 生命医薬情報学連合大会 2014に参加しています!)

10/2〜4に仙台で開催されている生命医薬情報学連合大会 2014に今西、中川、Kryukov、高橋が参加しています。

今西は初日のオミックス医療学会のワークショップにて、中川は二日目のJSBiハイライトトラック1にて口頭発表します。Kryukovと高橋はポスターにて研究発表予定です。

そして最終日のセッションではKryukovと今西が取り組んでいた匿名の被験者Xのゲノム解析の結果を発表します。

東海大学医学部1年生の体験学習「ヒトゲノム情報解析入門」

September 6th, 2014 | Posted by Tadashi Imanishi in News - (Comments Off on 東海大学医学部1年生の体験学習「ヒトゲノム情報解析入門」)

医学部1年生の学生4名が5日間にわたり当研究室に参加し、基礎研究の現場を体験しました。計算機を使って個人のゲノム情報の解析を行ったり、論文紹介セミナーに参加するなど、盛りだくさんの内容でした。

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VaDEデータベースの新versionを公開しました

August 25th, 2014 | Posted by Tadashi Imanishi in Database - (Comments Off on VaDEデータベースの新versionを公開しました)

遺伝的形質のゲノム情報データベース VarySysDB Disease Edition (VaDE)を更新し、version 1.3としました。

  • 関連の再現性の評価法をより厳密にし、独立な研究によって支持される疾患関連ゲノム多型の情報を提供。
  • 2型糖尿病に関連するゲノム多型の情報をマニュアルキュレーションによって追加。
  • 解説文の追記。

データベースのURLは http://bmi-tokai.jp/VaDE/ です。

vade_1.3

 

日本進化学会 第16回 大阪大会にてワークショップを開催しました

August 24th, 2014 | Posted by So Nakagawa in Seminar - (Comments Off on 日本進化学会 第16回 大阪大会にてワークショップを開催しました)

ワークショップ「ウイルスと宿主の共進化のダイナミクス」を名古屋市立大学の鈴木善幸教授と共同で本研究室の中川が開催いたしました。

W5:
ウイルスと宿主の共進化のダイナミクス
Dynamics of virus and host coevolution
日時場所
2014年 8月22日(金) 9:15〜11:15 , E会場(市民会館2階)

企画者
中川草(東海大)
鈴木善幸(名古屋市立大)

趣旨
近年シーケンス技術の向上に伴い様々な生物・ウイルスのゲノム配列が解読されてきた。その結果、宿主となる生物のゲノム配列の中にはウイルスの感染を防御するために変化してきた部分のみならず、ウイルスが宿主のゲノムに内在化し(内在性ウイルス、一部はレトロトランスポゾン)、その配列が宿主内で必須の機能を獲得することなど、様々な進化パターンが存在することが明らかになってきた。本ワークショップではウイルスと宿主の進化に関係する最新の研究結果を演者の方々からご報告いただき、その知見をふまえて参加者と議論していきたい。

予定演者
W5-1. 9:15-9:35
「胎盤と胚発生における内在性レトロウイルスの役割」
○宮沢孝幸(京大・ウイルス研)

W5-2. 9:35-9:55
「RNAを介した遺伝子の重複と進化に関わるレトロトランスポゾン」
○大島一彦(長浜バイオ大学・バイオサイエンス学部)

W5-3. 9:55-10:15
「レトロウイルス様配列による哺乳類皮膚表皮角質層機能の進化」
○松井毅(理研IMS)

W5-4. 10:15-10:35
「レンチウイルスと宿主の進化的軍拡競争の分子メカニズム」
○佐藤佳1、竹内(柴田)潤子1、小林朋子1、吉川禄助1、山田英里1、中野雄介1,2、任鳳蓉3、田中博3、小柳義夫1(1京大・ウイルス研、2熊大・院医、3東京医科歯科大)

W5-5. 10:35-10:55
「内在性ボルナ病ウイルス様エレメントと宿主の進化」
○小林由紀(日大・獣医)

W5-6. 10:55-11:05
「Packaging mechanisms in viruses with segmented genomes」
○鈴木善幸(名市大・院自然科学)

W5-7. 11:05-11:15
「哺乳類のゲノムに内在化したウイルス由来の配列データベース」
○中川草(東海大・医学部)

ご発表頂きました先生方、またご参加いただきましたみなさまにも大変感謝いたします。

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(こちらは懇親会での集合写真、京大霊長研の岡本先生、ウイルス研の吉川先生にもご参加いただきました)