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VaDE version1.2を公開しました

June 26th, 2014 | Posted by Yoko Nagai in Uncategorized - (Comments Off on VaDE version1.2を公開しました)

遺伝的形質のゲノム情報データベース VarySysDB Disease Edition (VaDE)を公開しました。

  • 新しいURLはhttp://bmi-tokai.jp/VaDE/です。
  • ゲノムブラウザと日本語対応ページの公開。
  • データアップデート:関節リウマチおよび高血圧のマニュアルキュレーションデータを追加。
  • 機能拡張:レコードクリックによる詳細情報の表示、キーワード入力検索システム、形質のカテゴリー検索システム、内部リンクの充実。
  • バグ修正:外部リンクURLの修正。

VaDE TOP JP

ツェツェバエの全ゲノム解析に関する論文がScience誌に出版されました

April 26th, 2014 | Posted by So Nakagawa in Paper - (Comments Off on ツェツェバエの全ゲノム解析に関する論文がScience誌に出版されました)

ツェツェバエの全ゲノム解析に関する論文がScience誌に出版されました

眠り病として知られるアフリカトリパノソーマ症への感染を媒介するツェツェバエ(Glossina morsitans)について、366 MBの全ゲノム配列を決定し、さらに12,308個の予測遺伝子の機能を解明しました。これにより、ツェツェバエの吸血性や胎生・授乳といった奇妙な特徴に関連する遺伝子が明らかになり、今後の感染予防法の開発に役立つ多くのヒントが得られました。以上は国際Glossinaゲノムイニシアティブによる共同研究の成果です。

今西教授は、産業技術総合研究所でツェツェバエの個々の遺伝子の機能を適切に注釈付けする解析に貢献しました。なお、本研究はScience誌の表紙も飾っています。

International Glossina Genome Initiative (2014) Genome Sequence of the Tsetse Fly (Glossina morsitans): Vector of African Trypanosomiasis. Science 344(6182):380-386.

論文:http://www.sciencemag.org/content/344/6182/380
表紙:http://www.sciencemag.org/content/344/6182.cover-expansion

「再現性」のある疾患関連ゲノム多型のデータベースを公開

April 24th, 2014 | Posted by Yoko Nagai in Uncategorized - (Comments Off on 「再現性」のある疾患関連ゲノム多型のデータベースを公開)

学術文献で報告されている疾患発症リスク・薬剤応答性・体質に関わるゲノム多型の情報を網羅的に収集し、その機能や連鎖不平衡の情報をつけたデータベース”VarySysDB Disease Edition (VaDE)”を試験的に公開しました。VaDEデータベースの特徴は、人類集団ごとに、複数の独立なサンプルを用いた研究で関連性が再現されたゲノム多型を表示できることです。例えば、東アジア人で再現性の認められたすべての疾患関連ゲノム多型を検索して表示し、ダウンロードできるほか、多型を示すゲノム位置の機能に関する情報も提供しています。ゲノム多型を疾患リスクの予測に使う研究が広まりつつありますが、本データベースは信頼性の高い疾患関連ゲノム多型をそのエビデンスとともに提供します。

試験公開のサイトは、こちらです。今後の改良に活かしていきますので、利用者の方々から広くご意見をいただければ幸いです。

なお、本データベースは平成25-26年度科研費・研究成果公開促進費「データベース」(JSPS科研費、258055および268046)の助成を受けて開発されています。

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ネコMorbillivirusesに関する論文がOnlineにて公開されました

April 11th, 2014 | Posted by So Nakagawa in Paper - (Comments Off on ネコMorbillivirusesに関する論文がOnlineにて公開されました)

助教の中川が京都大学ウイルス研究所宮沢孝幸研究室らと共同で行った研究がJounal of General VirologyにてOnline公開されました。

Sakaguchi, S., Nakagawa, S., Yoshikawa, R., Kuwahara, C., Hagiwara, H., Asai, K., Kawakami, K., Yamamoto, Y., Ogawa, M. and Miyazawa, Y.* (2014)
Genetic diversity of feline morbilliviruses isolated in Japan.
Journal of General Virology (in press) Web PDF

アクセプトから二日での公開です、Editorial Officeの非常に早い仕事に驚きました。

本年度もよろしくお願いします

April 1st, 2014 | Posted by So Nakagawa in Uncategorized - (Comments Off on 本年度もよろしくお願いします)

4月に入り、メンバーの変更がありました

Welcomeランチを兼ねて大学そばの「ふじやま公園」までお花見に行ってきました。

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東海大学マイクロ・ナノ啓発会に参加します

February 19th, 2014 | Posted by So Nakagawa in Uncategorized - (Comments Off on 東海大学マイクロ・ナノ啓発会に参加します)

2/25(火)に東海大学湘南キャンパスで開催される「東海大学マイクロ・ナノ啓発会(Tµne) 第2回学術講演会」に中川と長井が参加します。

講演会の詳細はこちらです:
日時:2014 年 2 月 25 日(火) 10:00~19:00
場所:東海大学湘南校舎 17 号館 2 階ネクサスホール

3/7にセミナーを開催いたします

February 16th, 2014 | Posted by So Nakagawa in Seminar - (Comments Off on 3/7にセミナーを開催いたします)

東海大学近隣のactiveな若手生命科学研究者に講演をお願いしました。

時間:3/7(金)、15:00〜18:30
場所:東海大学 伊勢原キャンパス(小田原線伊勢原駅よりバスで10分) 1号館2階 第四会議室

15:00〜16:00 小林由紀(日大獣医)「内在性ボルナウイルス様エレメントと宿主の進化」
16:10〜17:10 荒川和晴(慶大先端生命)「生命活動のサスペンド&レジュームを可能にするクマムシ乾眠の分子機構 加えて個人ゲノム時代のゲノムリテラシー教育について」
17:20〜18:20 松前ひろみ(北里大解剖学)「ゲノム・文化・倫理問題から取り組む、北東アジアの人類学」

ぜひご自由にご参加ください。

また、上記のセミナー後に懇親会を学内で開催する予定です(会費制)。
もし懇親会にも参加希望の場合はできましたら2月末までに世話人の中川(so.nakagawa@tokai-u.jp)までご連絡下さい。

分子生命科学の新年会に参加しました

January 11th, 2014 | Posted by So Nakagawa in Uncategorized - (Comments Off on 分子生命科学の新年会に参加しました)

本厚木の七幅という海鮮居酒屋のお店で開催されました。
おいしいお刺身やお鍋、そして楽しいトークに花を咲かせました。

幹事のみなさま、ありがとうございました。

日本分子生物学会に参加しています

December 4th, 2013 | Posted by So Nakagawa in Uncategorized - (Comments Off on 日本分子生物学会に参加しています)

2013年12月3日から6日まで神戸で開催されている第36回日本分子生物学会に今西、中川、長井、高橋が参加しています。

下記の発表を行っています:

バイオデータベースの統合化とデータマイニングを推進するためのリンク自動管理システム
ヒトゲノム多型に基づく疾患リスク予測ツールの開発
Gene Set Enrichment & Clustering法による未解明の関節リウマチ発症機序の予測
フォークヘッド転写因子の進化と結合するDNA配列の変化のダイナミクス

 

ウシのインターフェロンタウ遺伝子族の発現解析に関する共同研究論文が公開されました

November 29th, 2013 | Posted by So Nakagawa in Paper - (Comments Off on ウシのインターフェロンタウ遺伝子族の発現解析に関する共同研究論文が公開されました)

ウシのインターフェロンタウ遺伝子族の胎盤発生時の発現解析した論文がPLoS ONEで公開されました。助教の中川が東京大学大学院農学生命科学研究科 今川和彦研究室と共同で行った研究成果です。

Sakurai T†, Nakagawa S†, Kim MS†, Bai H, Bai R, Li JY, Min KS, Ideta A, Aoyagi Y and Imakawa K*.
Transcriptional regulation of two conceptus interferon tau genes expressed in Japanese Black cattle during peri-implantation period. PLoS ONE 2013 8(11), e80427. Web PDF

研究業績(http://bmi.med.u-tokai.ac.jp/jp/publications)をご覧ください。