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当研究室ではOxford Nanopore Technology社のMinIONというDNAシークエンサーを研究で利用していますが、その省コスト型のアダプター装置であるFlongleのためのフローセル(写真)が納品されました。7月11日に4枚が到着したのに続き、本日(7月23日)4枚が追加で納品されました。今年4月に注文を入れていたのですが、やっとその一部の納品が始まりました。
この装置のおかげでDNAシークエンスのコストが下がってくれそうで、たいへん助かります。

今年で2回目になりますが、われわれは東海大学医学部の学部学生を対象に、計算機プログラミングのコースを開催しています。今回はpython言語の基本を習得し、さらに機械学習を実施する課題にチャレンジしてもらいました。2名の学生さん(写真中央の2名)はそれぞれSVMを使った分類問題に取り組み、本日最終日には解析結果を発表してもらいました。
楽しくにぎやかな5日間でした。

山形県・新潟県で地震

June 19th, 2019 | Posted by Tadashi Imanishi in News - (0 Comments)

昨夜は山形県・新潟県を中心とする地域で大きな地震がありました。昨年9月に第7回生命医薬情報学連合大会(IIBMP2018)のため訪問した鶴岡市でも、かなりの被害があったようです。被災された方々にお見舞い申し上げます。
学会の記事はこちら。

高精度縄文人ゲノム

May 13th, 2019 | Posted by Tadashi Imanishi in News - (0 Comments)

国立科学博物館からのプレスリリース
5月13日 遺伝子から続々解明される縄文人の起源 ~高精度縄文人ゲノムの取得に成功~

この研究には当研究室も一部関係しています。

プレスリリース文

読売新聞の記事

情報生物医学研究室では今年度も「ゲノム情報を生かした未来の医療を創る」をモットーに、研究に邁進していきます。
今年度は以下の科研費を獲得し、それぞれのテーマで研究を開始したところです。
これからもご支援のほどよろしくお願い申し上げます。

科研費・基盤研究(B)(2019-2021年度)
課題名「機械学習を駆使したゲノム多型ビッグデータからのヒト顔形状の予測」(代表:今西 規)

科研費・新学術領域・公募研究(2019-2020年度)
課題名「ゲノムワイドな多型解析に基づくヤポネシア人集団の進化モデル構築」(代表:今西 規)

科研費・新学術領域・公募研究(2019-2020年度)
課題名「大規模バイローム解析システムの構築および新規同定ウイルスの分子進化解析」(代表:中川 草)

科研費・新学術領域・公募研究(2018-2019年度)
課題名「ヒトらしさの進化:民族集団史と言語・音楽の共進化関係の解明」(代表:松前 ひろみ)

科研費・挑戦的研究(萌芽)(2017-2019年度)
課題名「細胞融合にかかわる内在性レトロウイルス由来遺伝子の同定および機能解析」(代表:上田 真保子)

卒研生として工学部生命化学科から当研究室に参加していた須藤恵美さんが、卒業していきました。
成績優秀により、東海大学の総長賞をいただいたとのことです。
こちらは先日開催された送別会でのスナップ写真です(前列右から3人目)。

クリュコフ研究員がBioinformatics誌に研究論文を発表しましたが、その概要が東海大学のホームページに掲載されました。
これは、ゲノム情報の効率的な圧縮技術に関する成果です。

論文はこちら

 

【医学部ニュース】

https://www.u-tokai.ac.jp/academics/undergraduate/medicine/

https://www.u-tokai.ac.jp/academics/undergraduate/medicine/news/detail/nafbioinformatics.html

Molecular Biology of the Cellの輪読会が終了しました。丸1年かかりましたが、何とか最後まで読み切りました。
根気よく最後まで参加してくれた学生さんたちと記念写真です。黄色い包装紙は箱根土産のお菓子「うり坊」。

このたび公益財団法人日立財団の倉田奨励金を受賞しました。研究課題名は「薬剤耐性菌の迅速な定量プロファイリング技術の開発」(代表:今西規)です。これは、世界的に大きな問題となっている薬剤耐性菌を短時間で定量的に検出しようとする研究です。

倉田奨励金について: http://www.hitachi-zaidan.org/works/environment/kurata/

2019年3月1日(金)に、東京の経団連会館で開催された贈呈式に出席しました。こちらが賞状と、お土産にいただいたモーター最中(日立市・青柳菓子店)です。日立製作所の第一号製品である5馬力誘導電動機(1910年)の形をした、とても美味しい最中でした(ごちそうさま!)。

5馬力誘導電動機について: こちら
モーター最中について: こちら

毎年恒例の医学部1年生を対象とした個別体験学習が始まりました。これは、学生が一週間にわたり各研究室の研究活動に参加して、その中から医学研究の意義を理解することを目的としています。今回も1年生4×2名が研究室に参加し、計算機を使ったヒトゲノム情報解析を行っています。

第1週

第2週