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日本進化学会 第16回 大阪大会にてワークショップを開催しました

ワークショップ「ウイルスと宿主の共進化のダイナミクス」を名古屋市立大学の鈴木善幸教授と共同で本研究室の中川が開催いたしました。

W5:
ウイルスと宿主の共進化のダイナミクス
Dynamics of virus and host coevolution
日時場所
2014年 8月22日(金) 9:15〜11:15 , E会場(市民会館2階)

企画者
中川草(東海大)
鈴木善幸(名古屋市立大)

趣旨
近年シーケンス技術の向上に伴い様々な生物・ウイルスのゲノム配列が解読されてきた。その結果、宿主となる生物のゲノム配列の中にはウイルスの感染を防御するために変化してきた部分のみならず、ウイルスが宿主のゲノムに内在化し(内在性ウイルス、一部はレトロトランスポゾン)、その配列が宿主内で必須の機能を獲得することなど、様々な進化パターンが存在することが明らかになってきた。本ワークショップではウイルスと宿主の進化に関係する最新の研究結果を演者の方々からご報告いただき、その知見をふまえて参加者と議論していきたい。

予定演者
W5-1. 9:15-9:35
「胎盤と胚発生における内在性レトロウイルスの役割」
○宮沢孝幸(京大・ウイルス研)

W5-2. 9:35-9:55
「RNAを介した遺伝子の重複と進化に関わるレトロトランスポゾン」
○大島一彦(長浜バイオ大学・バイオサイエンス学部)

W5-3. 9:55-10:15
「レトロウイルス様配列による哺乳類皮膚表皮角質層機能の進化」
○松井毅(理研IMS)

W5-4. 10:15-10:35
「レンチウイルスと宿主の進化的軍拡競争の分子メカニズム」
○佐藤佳1、竹内(柴田)潤子1、小林朋子1、吉川禄助1、山田英里1、中野雄介1,2、任鳳蓉3、田中博3、小柳義夫1(1京大・ウイルス研、2熊大・院医、3東京医科歯科大)

W5-5. 10:35-10:55
「内在性ボルナ病ウイルス様エレメントと宿主の進化」
○小林由紀(日大・獣医)

W5-6. 10:55-11:05
「Packaging mechanisms in viruses with segmented genomes」
○鈴木善幸(名市大・院自然科学)

W5-7. 11:05-11:15
「哺乳類のゲノムに内在化したウイルス由来の配列データベース」
○中川草(東海大・医学部)

ご発表頂きました先生方、またご参加いただきましたみなさまにも大変感謝いたします。

P1020313
(こちらは懇親会での集合写真、京大霊長研の岡本先生、ウイルス研の吉川先生にもご参加いただきました)

ニホンザルFoamy virusに関する論文がonline公開されました

助教の中川が京都大学ウイルス研究所の宮沢孝幸先生と共同で研究をしていたニホンザルFoamy virusに関する研究がGene誌に受理され、online公開されました

Yoshikawa R†, Nakagawa S†*, Okamura M and Miyazawa Y*.
Construction of an infectious clone of simian foamy virus of Japanese macaque (SFVjm) and phylogenetic analyses of SFVjm isolates.
Gene (accepted)

アクセプトの翌日に公開されたようです、Gene誌はonlie公開のスピードが早いですね!

VarySysDB Disease Edition (VaDE) version 1.2 was released.

We released VarySysDB Disease Edition (VaDE) version 1.2.

  • New URL is http://bmi-tokai.jp/VaDE/.
  • Released genome browser and supported Japanese language.
  • Data update: Add association data of hypertention and rheumatoid arthritis that is manually curated by our team.
  • Enhancements: Enhanced record click function to show detail information, search system, categorized trait search system, and inner-links.
  • Bug fixes: Fixed outer-link URL.

VaDE version1.2を公開しました

遺伝的形質のゲノム情報データベース VarySysDB Disease Edition (VaDE)を公開しました。

  • 新しいURLはhttp://bmi-tokai.jp/VaDE/です。
  • ゲノムブラウザと日本語対応ページの公開。
  • データアップデート:関節リウマチおよび高血圧のマニュアルキュレーションデータを追加。
  • 機能拡張:レコードクリックによる詳細情報の表示、キーワード入力検索システム、形質のカテゴリー検索システム、内部リンクの充実。
  • バグ修正:外部リンクURLの修正。

VaDE TOP JP

ツェツェバエの全ゲノム解析に関する論文がScience誌に出版されました

ツェツェバエの全ゲノム解析に関する論文がScience誌に出版されました

眠り病として知られるアフリカトリパノソーマ症への感染を媒介するツェツェバエ(Glossina morsitans)について、366 MBの全ゲノム配列を決定し、さらに12,308個の予測遺伝子の機能を解明しました。これにより、ツェツェバエの吸血性や胎生・授乳といった奇妙な特徴に関連する遺伝子が明らかになり、今後の感染予防法の開発に役立つ多くのヒントが得られました。以上は国際Glossinaゲノムイニシアティブによる共同研究の成果です。

今西教授は、産業技術総合研究所でツェツェバエの個々の遺伝子の機能を適切に注釈付けする解析に貢献しました。なお、本研究はScience誌の表紙も飾っています。

International Glossina Genome Initiative (2014) Genome Sequence of the Tsetse Fly (Glossina morsitans): Vector of African Trypanosomiasis. Science 344(6182):380-386.

論文:http://www.sciencemag.org/content/344/6182/380
表紙:http://www.sciencemag.org/content/344/6182.cover-expansion

A New Database of “Reproducible” Disease-Associated Genomic Polymorphisms Launched

We developed a new database of genomic polymorphisms that are “reproducibly” associated with disease risks, drug responses and other traits by comprehensively extracting information from many scientific papers, and released it as “VarySysDB Disease Edition (VaDE)”. The VaDE database contains detailed information of disease-associated genomic polymorphisms that have been confirmed by multiple, independent studies for each human population. For example, users can search, show and download all the disease-associated genomic polymorphisms that are reproduced in the East Asian population. VaDE also provides functional information and linkage disequilibria of the polymorphic genomic sites. While genomic polymorphisms are being widely used in researches for predicting disease risks, our database can provide reliable sets of disease-associated genomic polymorphisms with the firm evidence.

The VaDE database is accessible temporarily from here. Your feedback is highly appreciated and will help us to improve our database in the future.

This database project is partially supported by JSPS KAKENHI, Grant-in-Aid for Publication of Scientific Research Results (Grant Numbers 258055 and 268046) in 2013-2014.

「再現性」のある疾患関連ゲノム多型のデータベースを公開

学術文献で報告されている疾患発症リスク・薬剤応答性・体質に関わるゲノム多型の情報を網羅的に収集し、その機能や連鎖不平衡の情報をつけたデータベース”VarySysDB Disease Edition (VaDE)”を試験的に公開しました。VaDEデータベースの特徴は、人類集団ごとに、複数の独立なサンプルを用いた研究で関連性が再現されたゲノム多型を表示できることです。例えば、東アジア人で再現性の認められたすべての疾患関連ゲノム多型を検索して表示し、ダウンロードできるほか、多型を示すゲノム位置の機能に関する情報も提供しています。ゲノム多型を疾患リスクの予測に使う研究が広まりつつありますが、本データベースは信頼性の高い疾患関連ゲノム多型をそのエビデンスとともに提供します。

試験公開のサイトは、こちらです。今後の改良に活かしていきますので、利用者の方々から広くご意見をいただければ幸いです。

なお、本データベースは平成25-26年度科研費・研究成果公開促進費「データベース」(JSPS科研費、258055および268046)の助成を受けて開発されています。

VaDE  TOP

ネコMorbillivirusesに関する論文がOnlineにて公開されました

助教の中川が京都大学ウイルス研究所宮沢孝幸研究室らと共同で行った研究がJounal of General VirologyにてOnline公開されました。

Sakaguchi, S., Nakagawa, S., Yoshikawa, R., Kuwahara, C., Hagiwara, H., Asai, K., Kawakami, K., Yamamoto, Y., Ogawa, M. and Miyazawa, Y.* (2014)
Genetic diversity of feline morbilliviruses isolated in Japan.
Journal of General Virology (in press) Web PDF

アクセプトから二日での公開です、Editorial Officeの非常に早い仕事に驚きました。